Здравствуйте, medovnikov sergei vjacheslavovich!
Оформлю сообщения из мини-форума в ответ:
Позвольте я укажу на пару проблем, которые имеются в Вашей системе, по моему мнению. Какие-то вообще не имеют отношения к решению описанной проблемы, какие-то лишь косвенно. Я надеюсь, что смогу донести до Вас информацию о том, что в Вашей системе что-то не так.
1. Вы выбрали безумно дорогую материнскую плату и один из самых дорогих процессоров для LGA1155. Я допускаю, что в каких-то условиях это может быть необходимо, но в абсолютном большинстве случаев это неоправданная трата денег, особенно в части материнской платы.
2. На системе со столь производительным процессором Вы используете Windows XP 32bit, который не способен работать более чем с ~3,5 Гб памяти. Уверен, что абсолютное большинство приложений, которым требуется столь производительный процессор, столкнутся с нехваткой оперативной памяти вызванной ограничениями операционной системы.
3. Если Вы действительно столкнулись с необходимостью выравнивания томов/разделов значит Вы выбрали модель HDD Western Digital Caviar Green WD7500AARX (в следующий раз указывайте в вопросе полное название модели). Её покупка неоправдана по 2 причинам: во-первых Вы используете Windows XP, а значит покупать HDD использующие технологию Advanced Format - это искать для себя самого трудности; во-вторых до 1 Тб существуют столь же недорогие (ну, может рублей на 150 дороже), столь же холодные, но более быстрые диски без Advanced Format с поддержкой SATA 6Gb/s (SATA 3, хотя для HDD, пока, от этого стандарта ни жарко ни холодно) со скоростью вращения шпинделя 7200 оборотов/мин., например Western Digital Caviar Blue WD7500AALX. Тот факт, что ёмкость кэша у него меньше не скажется негативно на его работе - он всё-равно будет производительнее выбранного Вами.
Если говорить о наличии на рынке более дорогих дисков Western Digital Caviar Black - не считаю, что надёжность у дисков этой серии такая уж исключительная, что-бы заметно переплачивать за эти модели (ёмкостью до 1 Тб). И производительность выше, чем у дисков Caviar Blue лишь незначительно. Также стоит помнить, что Caviar Black более горячие диски и без правильного охлаждения их надёжность даже падает.
Убеждён, что в абсолютном большинстве случаев оптимальным выбором для домашней системы до 1 Тб включительно будут модели Caviar Blue (если говорить исключительно о линейке WD).
Свыше 1 Тб приходится выбирать - либо производительность дорогой и горячей серии Caviar Black, либо минимальная стоимость хранения данных и холодный нрав Caviar Green.

Если же Вы приобрели диск серии Caviar Black или Caviar Blue - насколько мне известно WD не выпускала дисков этих серии с технологией Advanced Format. Модель в серии Caviar Black ёмкостью 750 Гб с поддержкой SATA 6Gb/s - WD7502AAEX, в серии Caviar Blue, как уже писал выше - WD7500AALX. Эти модели не требуют выравнивания. Какая у Вас? Возможно WD выпустил какую-то новую модель, но на их сайте я такой не обнаружил.

По моему мнению, решением имеющихся проблем, как с оперативной памятью (да, они у Вас есть. сомневаюсь, что Вы поставили в систему только 2 Гб памяти), так и с HDD использующим технологию Advanced Format является переход на более современную операционную систему, например Windows 7 x64.