Здравствуйте, Gomenica!
Для того, чтобы разобраться к какому виду выплат относится возмещение расходов в связи с перездом в другую местность (ст.169 Трудового кодекса РФ) необходимо обратиться к ст.164-165 ТК РФ. Из текста статей следует, что законодатель признает такие возмещение таких расходов компенсациями.
Теперь необходимо обратиться к Налоговому кодексу РФ, в частности к п.3 ст.217 (глава 23 "Налог на доходы физических лиц" - НДФЛ)
"Статья 217. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)
Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:
....3) все виды установленных действующим законодательством Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации), связанных с:
(в ред. Федерального закона от 29.12.2000 N 166-ФЗ)
...-исполнением налогоплательщиком трудовых обязанностей (включая переезд на работу в другую местность и возмещение командировочных расходов).
(в ред. Федерального закона от 29.12.2000 N 166-ФЗ)

Именно трудовым законодательством установлено, что возмещение затрат на переезд относится к компенсационным выплатам.

Согласно пункту 3 статьи 217 НК РФ с выплат, произведенных иногороднему сотруднику в связи с его переездом на работу в другую местность, не нужно удерживать налог на доходы физических лиц. На эти выплаты также не нужно начислять ЕСН и страховые взносы в Пенсионный фонд Российской Федерации (подпункт 2 пункта 1 статьи 238 НК РФ). Отметим, что база для начисления страховых взносов в Пенсионный фонд Российской Федерации та же, что и для начисления ЕСН (пункт 2 статьи 10 Федерального закона от 15 декабря 2001 года №167-ФЗ «Об обязательном пенсионном страховании в Российской Федерации»).
Таким образом, согласно пункту 3 статьи 217 НК РФ с выплат, произведенных иногороднему сотруднику в связи с его переездом на работу в другую местность, не нужно удерживать налог на доходы физических лиц.
На эти выплаты также не нужно начислять ЕСН и страховые взносы в Пенсионный фонд Российской Федерации (подпункт 2 пункта 1 статьи 238 НК РФ).
Отмечу, что база для начисления страховых взносов в Пенсионный фонд Российской Федерации та же, что и для начисления ЕСН (пункт 2 статьи 10 Федерального закона от 15 декабря 2001 года №167-ФЗ «Об обязательном пенсионном страховании в Российской Федерации»).

Ну, и под конец приведу Вам выдержку из достаточно свежего письмо Минфина, в котором, в частности, затрагивается и Ваш вопрос.

ПИСЬМО МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РФ от 16 февраля 2007 г. N 03-04-06-02/28 "О ПОРЯДКЕ ОБЛОЖЕНИЯ НДФЛ И СТРАХОВЫМИ ВЗНОСАМИ НА ОБЯЗАТЕЛЬНОЕ ПЕНСИОННОЕ СТРАХОВАНИЕ СУТОЧНЫХ ЗА ДНИ КОМАНДИРОВКИ"
Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики <...> по вопросу порядка обложения налогом на доходы физических лиц и страховыми взносами на обязательное пенсионное страхование суточных за дни командировки сообщает следующее.
<...>
В соответствии с п. 3 ст. 217, пп. 2 п. 1 ст. 238 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) не подлежат налогообложению единым социальным налогом (страховыми взносами на обязательное пенсионное страхование) все виды установленных законодательством Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации), связанных, в частности, с выполнением физическим лицом трудовых обязанностей (<b>в том числе переезд на работу в другую местность</b> и возмещение командировочных расходов).
<...>
Заместитель директора Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики С.В.РАЗГУЛИН
16 февраля 2007 г. N 03-04-06-02/28

Вам надо подойти к Вашему бухгалтеру и показать ей приведенные выше выдержки из статей. В случае устного отказа, пишите заявление на имя руководителя с требованием выплаты удержанной незаконно суммы. Отаказать смогут навряд ли - чревато привлечением к налоговой ответственности.
С уважением, Eviran.


Приложение:
Статья 164. Понятие гарантий и компенсаций Гарантии - средства, способы и условия, с помощью которых обеспечивается осуществление предоставленных работникам прав в области социально-трудовых отношений. Компенсации - денежные выплаты, установленные в целях возмещения работникам затрат, связанных с исполнением ими трудовых или иных обязанностей, предусмотренных настоящим Кодексом и другими федеральными законами. (в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ) Статья 165. Случаи предоставления гарантий и компенсаций Помимо общих гарантий и компенсаций, предусмотренных настоящим Кодексом (гарантии при приеме на работу, переводе на другую работу, по оплате труда и другие), работникам предоставляются гарантии и компенсации в следующих случаях: при направлении в служебные командировки; при переезде на работу в другую местность; при исполнении государственных или общественных обязанностей; при совмещении работы с обучением; при вынужденном прекращении работы не по вине работника; при предоставлении ежегодного оплачиваемого отпуска; в некоторых случаях прекращения трудового договора; в связи с задержкой по вине работодателя выдачи трудовой книжки при увольнении работника; в других случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами. При предоставлении гарантий и компенсаций соответствующие выплаты производятся за счет средств работодателя. Органы и организации, в интересах которых работник исполняет государственные или общественные обязанности (присяжные заседатели, доноры, члены избирательных комиссий и другие), производят работнику выплаты в порядке и на условиях, которые предусмотрены настоящим Кодексом, другими федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации. В указанных случаях работодатель освобождает работника от основной работы на период исполнения государственных или общественных обязанностей. (в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)