Здравствуйте, Иванов Андрей Владимирович.

Изменения в программе нужны совсем небольшие. Проверка добавляется в функцию cell(). Размеры под-области задаются константами (в начале программы). При отладке я проверил, например, матрицу 6x6 с прямоугольными под-областями 3x2. Дополнительно, в конце функции main() добавлен вывод матрицы с разделителями. Для простоты, в приложении приведен код программы целиком.

Результат пары прогонов программы:


Если есть вопросы, то спрашивайте в мини-форуме. Могу ответить сегодня до 23МСК или в понедельник.

Успехов!

Приложение:
#include <stdlib.h>
#include <time.h>
#include <iostream>
using namespace std;

const int size = 9;
const int initial_mask = ~((-1) << size);

// В прямоугольнике шириной RW и высотой RH также не должно быть одинаковых точек
// Должно выполняться условие (RH*RW == size)
const int RH = 3, RW = size/RH;

int sudoku[size][size]; // это матрица судоку

// этот массив будет использоваться для пометки проверенных чисел
// лишняя колонка позволяет избежать дополнительной проверки индекса
int check[size][size+1];


// генерируем ячейку
bool cell( int i, int j )
{
int chk = check[i][j]; // маска чисел, уже проверенных в этой ячейке
if( !chk )
return false; // на предыдущих проходах уже были проверены все числа

for(;;)
{
// генерируем число, новое для этой ячейки
int number, bit;
do {
number = rand() % size;
bit = 1 << number;
} while( !(chk & bit) );
chk &= ~bit;
++number;

// проверяем, было ли это число ранее ...
bool repeated = false;
// ... в столбце
for(int l=0; l<i; l++)
if( sudoku[l][j] == number ) {
repeated = true;
break;
}
if( repeated ) {
// number уже есть в этом стобце
if( chk == 0 ) return false; // проверены все числа
continue; // пытаемся снова
}

// ... в строке
for(int k=0; k<j; k++)
if( sudoku[i][k] == number ) {
repeated = true;
break;
}

if( repeated ) {
// number уже есть в этой строке
__repeated:
if( chk == 0 ) return false; // проверены все числа
continue; // пытаемся снова
}

// ... в прямоугольнике RH x RW
int i_mod = i % RH; // номер текущей строки в под-области
if( i_mod ) { // для всех строк, кроме первых в под-областях
int j_from = j - j % RW;

// на несовпадение в текущей строке уже проверили,
// проверяем только вышележащие строки в под-области
for( l = i-i_mod; l < i; ++l )
for( k = 0; k < RW; ++k )
if( sudoku[l][j_from+k] == number )
goto __repeated; // некрасиво, но это простейший способ выйти из вложенных циклов
}

sudoku[i][j] = number; // нашли подходящее (пока) число
check[i][j] = chk; // сохраняем маску проверенных чисел

cout << number << " ";
return true;
}

}

// генерируем строку
bool row( int i )
{
check[i][0] = initial_mask; // сброс маски для первой ячейки
int j = 0;
while( j < size ) {
if( cell( i, j )) {
// ячейка заполнена, переходим к следующей
++j;
check[i][j] = initial_mask; // сброс маски для очередной ячейки
// индекс j здесь не проверяли - помните объявление int check[size][size+1] ?
}
else {
// увы, не получилось
// возвращаемся к предыдущей ячейке и ищем для нее какое-то другое число
// будет использована ранее сохраненная маска check[][]
if( --j < 0 )
return false; // придется вернуться к предыдущей строке

// вывод отладочной информации - отслеживание возвратов
cout << endl << i << ": ";
for( int k = 0; k < j; ++k )
cout << sudoku[i][k] << " ";
}
}
cout << endl;
return true;
}

void main()
{
time_t kl;
time( &kl );
srand(kl);

int i = 0;
while( i < size ) {
cout << i << ": ";
if( row( i ))
++i;
else
if( --i < 0 ) { cout << endl << "error! << endl"; return; }
}
cout << "\nMatrix:\n";

// формируем разделитель
char szDivider[32];
{
short* p = (short*)szDivider;
for( int j = 0; j < size; ++j ) {
if( j && j % RW == 0 )
*p++ = *(short*)"+-";
*p++ = *(short*)"--";
}
*(char*)p = 0;
}

for( i = 0; i < size; ++i ) {
if( i && i % RH == 0 )
cout << szDivider << endl;
for( int j = 0; j < size; ++j ) {
if( j && j % RW == 0 )
cout << "| ";
cout << sudoku[i][j] << " ";
}
cout << endl;
}
}