Здравствуйте, Буранов Сергей Сергеевич!
В соответствии с Пост. №78 для того чтобы воспользоваться правом на ученический отпуск, непрерывная продолжительность военной службы по контракту должна быть не менее трех лет в календарном исчислении.

Здравствуйте, Буранов Сергей Сергеевич!
Вопрос у Вас довольно сложный, и думаю однозначного ответа на него Вы не получите.
В соответствие с ч.1 ст.43 Конституции РФ Каждый имеет право на образование.
В соответствие с ч.2 ст.1 ФЕДЕРАЛЬНОГО ЗАКОНА от 27.05.1998 N 76-ФЗ "О СТАТУСЕ ВОЕННОСЛУЖАЩИХ", Военнослужащие обладают правами и свободами человека и гражданина с некоторыми ограничениями, установленными настоящим Федеральным законом, федеральными конституционными законами и федеральными законами.
Вроде, с одной стороны, Закон не ограничивает право военнослужащих по контракту обучаться в высших учебных заведениях. Однако, для офицеров прямо предусмотрено право на обучение в гражданских образовательных учреждениях высшего и среднего профессионального образования (п.2 ст.19 Закона). То есть, с одной стороны, в силу ст.1 Закона, если нет запрета, то разрешено, а с другой стороны, зачем тогда нужно было специально оговаривать это право для офицеров?
Указанное Вами постановление Правительства №78 от 07.02.2006 года, принято в соответствии с пунктом 2 статьи 19 Федерального закона "О статусе военнослужащих" и регулирует вопросы, связанные с реализацией права военнослужащих, проходящих военную службу по контракту (за исключением офицеров), непрерывная продолжительность военной службы по контракту которых составляет не менее трех лет в календарном исчислении (далее - военнослужащие), на внеконкурсное поступление (при условии успешного прохождения вступительных испытаний) и обучение в государственных и муниципальных образовательных учреждениях высшего и среднего профессионального образования и на подготовительных отделениях (курсах) федеральных государственных образовательных учреждений высшего профессионального образования (далее - государственные и муниципальные образовательные учреждения) с освоением образовательных программ по очно-заочной (вечерней) или заочной форме обучения (п.1 Постановления).
Исходя из этого ст.19 Закона Постановления можно сделать вывод, что военнослужащим по контракту разрешено обучение только при внеконкурсном поступление в государственных и муниципальных образовательных учреждениях.
К сожалению, факт того, что Вы учились перед поступлением на военную службу не имеет значение. Вы добровольно пошли на военную службу, а, следовательно взяли на себя определённые ограничения, в силу чего не вправе сейчас апеллировать тем, что командование знало о вашей учёбе.
Учитывая, что прямого указания в Законе на Ваше право пользоваться учебным отпуском не существует, Вам и отказывают. Ничего для Вас не остаётся, как только брать в счёт очередного (ещё хорошо, если дадут). Окончательную точку в толкование данной нормы может поставить только суд.