Здравствуйте, Вячеслав Карелин!
Бесплатных утилит такого класса лично я не знаю, но если Вам необходим сертифицированный продукт от партнера Microsoft, то могу предложить ознакомиться с <b>ScriptLogic Secure Copy<b/> от компании ScriptLogic Corporation. Цитирую:
Специальная утилита Secure Copy предлагает администратору не только механизм автоматизации копирования файлов и каталогов, но также переносит атрибуты и права доступа к файлам и каталогам (в том числе - к разделяемым) как для отдельных пользователей, так и для групп. Проблемы, связанные с копированием открытых файлов, обходятся заданием правил автоматических повторных обращений для копирования. Функция "Administration Override" обеспечивает копирование даже тех файлов и каталогов, к которым администратор не имеет доступа. В целом, Secure Copy предлагает администратору мощный механизм миграции с дополнительными возможностями, полностью автоматизирующий процесс переноса серверных данных.
Более подробно и условия лицензирования <a href=http://www.uniware.ru/products/scriptlogic/scriptlogic_root.htm> <b>здесь</b></a>

Приложение:
Основные преимущества:Минимизация времени на запуск нового сервера. Резкое сокращение времени на операции миграции, консолидации и репликации. Инкрементальное копирование позволяет осуществлять выборочное добавление пользователей на целевой файловый сервер.Прозрачный перенос конфигураций. На целевой сервер автоматически переносятся права доступа к файлам и каталогам, в том числе - к разделяемым ресурсам, опции сжатия, информация о локальных группах и отдельных пользователей, время последнего обращения и другие атрибуты.Сокращение рутинных трудоемких операций. Утилита автоматически решает наиболее распространенные проблемы переноса данных и установленных для них ранее прав доступа, включая перенос атрибутов при операциях с защищенными файлами, различными локальными группами и т.д.Более удобное планирование. Утилита позволяет составлять график операций миграции.Основные функции:Копирование данных с сохранением атрибутов безопасности. Быстрое копирование файлов данных и воссоздание прав доступа на целевом сервере.Многопотоковая архитектура. Максимальное использование пропускной способности сети при копировании большого числа небольших файлов.Автоматическая миграция прав доступа к разделяемым файлам, установок сжатия и дат создания/модификации файлов. Анализ свойств файлов и каталогов и воссоздание установок на целевом сервере. Миграция локальных групп и отдельных пользователей. Локальные группы с правами доступа с исходного сервера автоматически воссоздаются на целевом сервере в Active Directory (AD) или домене NT 4. Преодоление запрета доступа к объектам. Автоматическое решение проблем с отсутствием у администратора прав доступа к копируемым файлам/каталогам. Эта опция не означает нарушение механизма безопасности Windows. Обычно для решения проблемы "Access Denied" администратор получает право работы с объектом, вызвавшим проблему, и в этом случае Secure Copy автоматически выполняет данную операцию, получив временное право на копирование и устраняя необходимость вмешательства администратора в процесс копирования.Автоматическое копирование открытых файлов. Запрос на копирование открытых или недоступных файлов повторяется, пока эти файлы не станут доступны.Полная поддержка режима командной строки. Все операции могут быть спланированы и выполнены с помощью скриптов и бат-файлов из командной строки.Широкий набор опций копирования. Опции копирования позволяют администратору контролировать практически каждый аспект миграции данных:Права доступа в NTFS.Локальные группы и пользователи.Разделяемые файлы/каталоги и их атрибуты безопасности.Атрибуты файлов.Скорость и эффективность копирования.Опции защищенных файлов.Опции синхронизации.Фильтры файлов.Миграция с NT 4.0 в AD. Утилита предлагает 3 способа миграции локальных групп - стандартный, расширенный и перенос локальных групп. При миграции сервера в AD, Secure Copy создает домен локальной группы в AD с таким же именем, как и на исходном сервере или с суффиксом/ префиксом. Системные требования:Windows NT (с SP6)/2000/2003 в качестве исходных и целевых серверов. Secure Copy устанавливается либо на исходном либо на целевом сервере. Для максимальной производительности рекомендуется устанавливать Secure Copy на целевом сервере.

Здравствуйте, Вячеслав Карелин!
Дело в том, что права доступа храняться в NTFS, тоесть в самой файловой системе, так что права остануться при переустановке системы, только одно, при создании пользователей их номера в списке ОС могут не совпадать, поэтому права остануться для старых пользователей, а новым наврядли подойдут. Вам больше нужна программа сохранения пользователей, н оя с такой не сталкивался, увы.