Здравствуйте, Константин Серов!
Может я чего то не понял но если грузополучатель является плательщиком то в поле покупатель и грузополучатель должен стоять один клиент.

Здравствуйте, Константин Серов!
Подробнее:
1. В счет-фактуре покупатель = юридическое лицо, с которым заключен договор (на которого выписан счет на оплату) - это "Правила ... счетов-фактур... Постановление Правительства № 914" и Гражданский Кодекс; грузополучатель - он же, или его филиал, или вообще третье лицо, выполняющее получение товара по доверенности. Это обязательно.
2. В накладной, акте выполнения работ или что там еще можно указать контрагентом филиал, но в любом случае в счет-фактуре придется исправить на юр. лицо. Тогда долг окажется на филиале. Если и в Выписке банка указать филиал, то остатки сойдутся. Это не по теории, но если от юр.лица-покупателя все время выступает одно и то же подразделение, представитель и т.п., то терпимо.
3. В теории филиал действует от имени юридического лица, долг нужно числить за покупателем - юр.лицом, пока оно само или кто-то за него не расплатится. Если филиал расплачивается за свое юридическое лицо, или вообще третье лицо расплачивается за покупателя, то в Выписке банка достаточно указать контрагентом юр.лицо. Для более подробного учета мы в плане счетов добавляем еще одно субконто (например, Плательщик, значения Справочник.Контрагенты), где пишем фактического плательщика. Это по правилам.
4. Тем не менее, у нас многие контрагенты любят запрашивать состояние взаиморасчетов в разрезе своих филиалов, и отказать им не удается. Тогда можно в справочнике Контрагенты завести группы, например, "ЛюбимыйЗаказчикФилиалы", а уж в эту группу включить все его филиалы, представительства, головной офис и что там еще. Тогда долг по группе в целом будет долгом по юридическому лицу, а разбивка по позициям даст состояние по подразделениям. Нужно только, чтобы бухгалтера не забывали после каждой сверки взаиморасчетов расчищать завалы (например, все остатки по филиалам относить на головной офис заказчика). Просмотр - оборотно-сальдовая ведомость по счету с признаком "по группам".
5. Не принимайте ответственности на себя, пусть выбор варианта сделает бухгалтер.