MySQL ничем не плох, просто изначально он был "заточен" под web и ценой скорости было отсутсвие многих механизмов (внешние ключи, триггеры, и т.д.) и некоторое несответствие стандартам SQL. Начиная с 4-й версии все это начали понемногу добавлять и дублировать изначальный синтаксис стандартным, так что последние версии вполне "тянут" на полноценную СУБД (а не только WEB-ориентированую).
Плюсы, которые имели значение для меня:
+ Firebird'a и Interbas'a: события (см. мануал по POST_EVENT)
+ MySQL'я: поддержка репликации (немного неполноценная, но всё же…). В Interbase, правда, тоже что-то сбокулежащее прикрутили, может оно и работает…
Ознакомтесь с документацией и выбирайте в зависимости от задачи, которая перед Вами стоит, а чисто в образовательных целях стоит покопатся и в той и в другой.
Различия Firebird и Interbase можно искать
здесь