Еще может быть причина в шелле - например, если у пользователя, под которым Вы руками запускаете скрипт - bash, а запуск в кроне идет под sh.Попробуйте поставить время в кроне на такое, чтобы Вы в это время сидели за консолью. Может быть появятся какие-то сообщения об ошибках. Если бы был скрипт, было бы проще найти причину ошибки.