Здравствуйте, Нагорный Виктор Борисович!

Даем практический совет.
Обратитесь к другим нотариусам.
Нотариусы – люди своеобразные. У одних «тараканов» в голове много у других меньше, а иногда встречаются нормальные (почти без «тараканов») нотариусы.
Чем к большему количеству нотариусов обратитесь, тем большая вероятность найти нормального нотариуса.
Мы сами часто обращается к нотариусам, и поэтом знаем, что практика показывает, что если документ не заверил один нотариус, то это не значит, что документ заверению не подлежит.

С уважением,
Юридическая фирма «ЮВМ консалт»,
тел. (495) 504-78-95, 518-87-58
uvm@bk.ru
http://www.uvm.ru

P. S.
Мы не истина в последней инстанции – мы просто излагаем свою точку зрения.

Здравствуйте, Нагорный Виктор Борисович!
1. Прежде всего, разумеется, неправомерно требование о необходимости нотариального удостоверения договора аренды. В соответствии со ст. 163 ГК РФ Нотариальное удостоверение сделок обязательно в случаях, указанных в законе и в случаях, предусмотренных соглашением сторон, хотя бы по закону для сделок данного вида эта форма не требовалась.
Закон (гл. 34 ГК РФ) не требует нотариального удостоверения.
Другой вопрос, что речь может идти об удостоверении копии договора аренды.
2. По нашему мнению, неправомерным является отказ и в удостоверении договора по причине того, что "не может подписывать с обоих сторон договор одно лицо".
а) если нотариус считает, что в таком случае возникает совпадение должника и кредитора в обязательстве в одном лице, то
то не так, поскольку Вы выступаете, с одной стороны, как орган юрлица (то есть как само юрлицо), с другой - как физическое лицо. Поэтому ни о каком совпадении не может идти речи.
б) если нотариус считает, что допустимо применение п. 3 ст. 182 ГК РФ ("Представитель не может совершать сделки от имени представляемого в отношении себя лично"), то, по нашему мнению, он также ошибается: отношения между юридическим лицом и его органом не являются представлительством в смысле ст. 182 ГК РФ. Директор - это не представитель юрлица, это само это юрлицо. Поэтому правило п. 3 ст. 182 ГК РФ здесь не должно применяться.
Некоторые юристы придерживаются другого мнения. Так, в одном из Комментариев к части первой ГК РФ читаем: "К участию юридического лица в гражданских правоотношениях применяются положения гл. 10 "Представительство. Доверенность" ГК". Такой вывод нам представляется по крайней мере спорным. Так, Президиум Высшего Арбитражного Суда РФ указывает: "Согласно ст. 53 ГК РФ органы юридического лица, к числу которых относится и руководитель, не могут рассматриваться как самостоятельные субъекты гражданских правоотношений и являются частью юридического лица. Поскольку ОРГАН ЮРИДИЧЕСКОГО ЛИЦА НЕ ЯВЛЯЕТСЯ ПРЕДСТАВИТЕЛЕМ ПОСЛЕДНЕГО..." (Постановление Президиума ВАС РФ No. 6164/98 от 09.02.1999). Таким образом, по мнению высшей судебной инстанции отношения между юридическим лицом и его органом не являются представлительством, а правила гл. 10 ГК РФ "Представительство. Доверенность" могут применяться как максимум - только по аналогии и только в исключительных случаях.
Поскольку иных оснований для вывода о том, что "не может подписывать с обоих сторон договор одно лицо" мы не видим, считаем отказ нотариуса неправомерным.
Возможно, если нотариус исходит из каких-то иных соображений, мы сможем с ним согласиться.
3. Наиболее оптимальным выходом, как представляется, было бы чтобы со стороны ООО договор подписывал не директор, а назначенное (хотя бы временно) третье лицо. С другой стороны, мы не видим оснований для невозможности подписания договора одним лицом, поэтому вопрос о том, как поступить в приведенной ситуации следует задать, прежде всего, нотариусу, поскольку ему известно основание сделанного им вывода.
С уважением, before.

Здравствуйте, Нагорный Виктор Борисович!
Лица разные! Одна сторона сделки - ООО (юридическое лицо), другая сторона - индивидуальный предприниматель (физическое лицо). Нотариус юрист и должен понимать, что стороной в сделке является именно ООО как юридическое лицо, а вовсе не его директор. Директор - всего лишь ИСПОЛНИТЕЛЬНЫЙ ОРГАН юридического лица.
Выход - обжаловать отказ в суде. Причем вам предоставляется выбор, чей отказ обжаловать - регистрационной службы или нотариуса.
____________

Приложение:
Статья 48. Понятие юридического лица1. Юридическим лицом признается организация, которая имеет в собственности, хозяйственном ведении или оперативном управлении обособленное имущество и отвечает по своим обязательствам этим имуществом, может от своего имени приобретать и осуществлять имущественные и личные неимущественные права, нести обязанности, быть истцом и ответчиком в суде.Статья 53. Органы юридического лица1. Юридическое лицо приобретает гражданские права и принимает на себя гражданские обязанности через свои органы, действующие в соответствии с законом, иными правовыми актами и учредительными документами.Порядок назначения или избрания органов юридического лица определяется законом и учредительными документами.