Здравствуйте, Сергей!
Вы удачно выбрали программу R-Studio , как эффективное средство восстановления информации после ошибочного удаления файлов или форматирования диска (раздела диска).

Вы пишете: "Одна загвоздка - кроме офисных все пустые" - так обычно и бывает, потому что простые файлы (текстовые, html, скрипты…) - они, как малые дети: имеют уникальное ценное содержимое, но не знают своего имени! (исключение - сложные офисные файлы с большим контентом и свойствами, включающими исходное имя). Имя файлов и путь к ним хранят их родители: папки и диск-корень. Процесс форматирования частично повредил Ваши папки записью поверх прежней структуры директорий о том, что пространство для бывших файлов теперь свободно для новой записи. Разработчик программы R-Studio хорошо знает об этой особенности, и поэтому он продублировал для Вас отображение найденых файлов созданием папки "Дополнительно найденные файлы" (дубль-список НЕ привязан к повреждённой пап-структуре), но уже без имён файлов и их путей.

"отметил все и снова сканирую. Правильно ли это?" - НЕправильно! Сканировать магнитную поверхность носителя достаточно 1 раз! Если Вы куда-то торопитесь, и Вам надо выключить компьютер, то полезно сохранить отсканированную информацию в небольшой файл (из меню Drive выберите команду "Save Scan Information"). Это избавит Вас от повторного много-часового сканирования. Разумеется, этот файл должен быть на другом носителе, а на читаемый диск нельзя записывать, пока Вы не закончите экспорт нужных файлов с него!
Позже Вы можете снова запустить программу R-Studio и быстро зачитать ранее-отсканированную информацию из скан-файла командой "Open Scan Information" из меню Drive .

"как правильно восстановить с прежним нахождением по папкам и с прежними названиями" - вообще-то надо регулярно делать резервные копии (бэкап) ценных файлов на другой носитель, чтобы в случае внезапной смерти главного жёсткого диска восстановить всю инфо с мини-потерями. Я, например, бэкапирую большие и редко-изменяемые дистрибутивы + видео ежедекадно на др жёст-диск, а часто-модифицируемые текстовики - ежедневно на разные флэшки (мой скрипт делает это быстро).
А сейчас - радуйтесь, что "в папке "Дополнительно найденные файлы" все есть, и открывается" (чувство радости придаёт силы).
Исправить ошибку отсутствия резервных файлов Вы можете массовым экспортом ВСЕХ найденных файлов на другой носитель (купить внешний жёсткий диск или попросить диск напрокат у друзей на 6 часов). Затем смириться с мыслью, что восстановление закончено, скопировать спасённую массу безымянных файлов на исходный диск в папку НеСортированные. И потихоньку сортировать их, начиная с поиска самых нужных, задавая признаки сортировки по размеру файлов, их типу или дате изменения. Через неск-ко дней окажется, что большинство оставшихся несортированных файлов - просто мусор, который можно удалить. =Удачи!