Здравствуйте, sagir1000.
Решение Вашей задачи в приложении. Просматриваем первый массив, проверяя его элементы на вхождение во второй и в результирующий (это для соблюдения условия уникальности), подходящие пишем в новый массив, не забывая отслеживать его размерность. Потом то же самое делаем со вторым массивом. И выводим результаты.
Всё должно быть ясно из комментариев. Проверено в Visual Studio 2005.
Удачи!

Приложение:
#include <stdio.h> //для функции printf/scanf
#include <stdlib.h> //для функции system
#include <conio.h> //для функции getch
#include <locale.h> //для функции setlocale

#define n 50

int main ()
{
setlocale (LC_ALL, "Russian"); //для отображения русского языка в консоли
int a [n]; //массивы
int b [n];
int c [2*n];
printf ("Введите первый массив\n"); //ввод данных
for (int i=0; i<n; i++) {
printf ("a[%i] = \n", i);
scanf ("%i", &a[i]);
}
printf ("Введите второй массив\n");
for (int i=0; i<n; i++) {
printf ("b[%i] = \n", i);
scanf ("%i", &b[i]);
}
system ("cls"); //очистка экрана
int rc = 0; //фактическое количество элементов результирующего массива
bool f = true; //флаг
for (int i=0; i<n; i++) {
f = true; //проверяем наличие элемента во втором массиве
for (int j=0; j<n && f; j++) //цикл до конца массива или срабатывания флага
if (a[i]==b[j]) f = false; //если есть - выставляем флаг
for (int j=0; j<rc && f; j++) //цикл до конца результирующего массива или срабатывания флага
if (a[i]==c[j]) f = false; //если элемент уже есть в массиве, выставляем флаг
if (f) {c[rc] = a[i]; rc++;} //если флаг не сработал, добавляем элемент в массив и наращиваем размерность
}
for (int i=0; i<n; i++) { //всё аналогично, но для второго массива
f = true;
for (int j=0; j<n && f; j++)
if (b[i]==a[j]) f = false;
for (int j=0; j<rc && f; j++)
if (b[i]==c[j]) f = false;
if (f) {c[rc] = b[i]; rc++;}
}
printf ("Первый массив: "); //вывод входных и выходных данных
for (int i=0; i<n; i++)
printf ("%i, ", a[i]);
printf ("\nВторой массив: ");
for (int i=0; i<n; i++)
printf ("%i, ", b[i]);
printf ("\nРезультирующий массив: ");
for (int i=0; i<rc; i++)
printf ("%i, ", c[i]);
_getch (); //ожидание реакции пользователя
return 0;
}