Здравствуйте, Kuka58!
Вы пишете "Знаний не хватает чтобы в этом разобратся". Поскольку ссылки, предложенные Вам в мини-форуме, не помогли Вам, то давайте проделаем варианты "от простого к сложному" (как в школе).

Ваши проблемы: 1)Повреждены загрузчики некоторых ОС (ОперСистем).
2)Загрузчики сильно-отличающихся ОС конфликтуют между собой.
3)Вы применили сомнительное Acronis-приложение для дублирования систем на другой диск.

Я предлагаю Вам решения (перечислены в обратном порядке):
1)Отказаться от Acronis, прог-продукты этой фирмы частенько портят разделы так, что потом приходится делать полную пере-разбивку разделов и их форматирование.
2)Избавьтесь от конфликтов загрузчиков разнесением их на разные разделы.
3)Поправьте повреждённые загрузчики, загрузившись с установочного диска соответствующей ОС или переустановите системы заново.

Подробнее:
1)Вы указали свою цель: "отладить один жеский диск а второй потом очистить". Это значит, второй диск Вам не нужен для работы. Значит, и Acronis не нужен. Пока лучший из двух дисков (назовём его Первый) хоть как-то работает, Вы можете использовать Второй для резервного хранения личных (семейных, производственных, но не-системных) файлов. Для этого ОС на втором диске не нужна. Подключаем 2-й диск в системный блок, копируем на него папки с личными файлами, выключаем компьютер, дубль-диск прячем в шкафчик. - Всё просто!
Через неделю пора задублировать ОБНОВЛЕНИЯ в личных файлах. Снова подключаем Второй диск, в программе TotalCommander в левое окно загружаем папку-источник (откуда обновляем), в правое - папку-получатель (такую же, но на 2-м диске). Из меню Инструменты выбираем команду "Синхронизировать каталоги". Взводим флаги "Асимметрично" (слева = главный, справа хотим сделать копию левого) и "с подкаталогами".
Жмём "Сравнить". В группе "Показывать" можно выключить отображение одинаковых файлов. Останутся отображены только те файлы, которые программа предлагает обновить слева-направо и удалить справа, как устаревшие (если их ранее удалили слева). Вы можете при необходимости внести поправки (исключения), затем жмёте "Синхронизировать" - и дубль обновился. Я так делал 10 лет и радовался.

Если у Вас имеется не только Второй жёсткий диск, но и второй компьютер для "горячего резерва", то на него надо установить хоть 1 ОС для синхронизации личных папок по сети. ОС надо устанавливать без всяких Акронисов, потому что мат-платы обоих системников отличаются.

Чтобы на второй Hdd (жёсткий диск) установить несколько ОС, которые могут "затереть" прежнего загрузчика, откройте ПанельУправления \ Администрирование \ УправлениеКомпьютером \ УправлениеДисками. Убедитесь, что все разделы имеют тип Основной (полноценный для загрузки, их заголовок - фиолетовый), а не Логический (загруз невозможен, заголовок - синий). Если это не так, то удалите все Логические разделы (предварительно "слейте" с них ценную для Вас информацию), удалите также Расширенный раздел (он не имеет буквы, в зелёной рамке, внутри которой были логические). На освободившейся неразмеченной области создайте новые разделы с типом Основной (Primary) с размерами, достаточными для установки на них нужных ОС. Отформатируйте новые разделы.
Самое интересное: перед тем как на выбранный раздел устанавливать ОС, надо из УправлениеДисками или из программы Установщика (на компакт-диске) дать команду: "Сделать раздел Активным". Тогда он в процессе установки он получит главную букву C: для СВОЕЙ ОС и ОТДЕЛЬНЫЙ, независимый загрузчик.
При таком способе установки можно в любой момент удалять ОС на любом разделе, не затрагивая загрузчики и системы на других разделах. Пере-активить раздел для переназначения загружаемой ОС несколько неудобно, но можно в Загрузчике поздней ОС (Windows7) прописать загрузку ранней ОС (WindowsXp), и использовать привычное меню загрузки.
Риск: Если Вы назначили активным какой-либо раздел, но не установили на него ОС (передумали?), то компьютер не сможет загрузиться с этого Жёсткого диска, и Вам придётся загружаться с другого Hdd или с Cdd для установки-восстановления ОС на текущем Активном разделе, либо для пере-назначения признака активности на раздел с исправным загрузчиком.

И наконец, самое сложное: если второй Hdd должен работать в том же системном блоке, что и главный Hdd, как "горячий резерв", то надёжнее без всякого клонирования отключить временно первый Hdd, на втором диске установить такие же ОС на таких же разделах, что и на первом Hdd (ОС без приложений устанавливается всего за полчаса). Затем, простым копированием или TotalCommander-синхронизацией можно регулярно обновлять "спящую" ОС второго Hdd из "спящей" ОС первого. То есть: обе ОС должны быть незагружены! Загружаться надо из третьей ОС, не являющейся источником или получатем копируемых файлов!
Успехов Вам! =Владимир