Здравствуйте, Наиль Рафикович Валиев.
В соответствии с ч.4 ст.198 АПК заявление может быть подано в арбитражный суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации стало известно о нарушении их прав и законных интересов, если иное не установлено федеральным законом. Пропущенный по уважительной причине срок подачи заявления может быть восстановлен судом.
То есть, обязанность доказать факт того, что срок пропущен по уважительной причине, а равно и факт уважительности причины, лежит на заявителе.
В соответствии с ч.1 ст.71 АПК арбитражный суд оценивает доказательства по своему внутреннему убеждению, основанному на всестороннем, полном, объективном и непосредственном исследовании имеющихся в деле доказательств.
Учитывая это сложно ответить, какие представленные Вами доказательства суд признает убедительными. Уважительной причиной может служить долгая и продолжительная болезнь мешающая обращению в суд, необходимость ухода за больным родственником, находящимся в другом регионе, возможно, содержание под стражей и т.д. и т.п., то есть Вы должны убедить суд, что у Вас не было возможности обратиться в суд с заявлением. Признает суд убедительным Ваши объяснения, что в это время проходил уголовным процесс или нет, я сказать не могу.
.
Вопрос что делать? Приведу выдержку из статьи «О СПОСОБАХ ЗАЩИТЫ ПРАВА (ЗАКОННОГО ИНТЕРЕСА) В АРБИТРАЖНОМ СУДЕ» /"Арбитражные споры", 2008, N 4
«Если пропущен предусмотренный пунктом 4 статьи 198 АПК РФ трехмесячный срок для подачи заявления об оспаривании акта или решения государственного органа и отсутствуют уважительные причины для его восстановления, то целесообразно ограничиться имущественным требованием, имея в виду, что при заявлении такого требования суд должен будет самостоятельно проверить законность акта (решения), на основании которого произведена денежная выплата, и принять решение независимо от того, что такой акт (решение) самостоятельно не оспорен. Подобная рекомендация приведена, например, в Постановлении Пленума ВАС РФ от 18.12.2007 N 65 "О некоторых процессуальных вопросах, возникающих при рассмотрении арбитражными судами заявлений налогоплательщиков, связанных с защитой права на возмещение налога на добавленную стоимость по операциям, облагаемым названным налогом по ставке 0 процентов".
Не следует обращать особого внимания на название вышеназванного Постановления Пленума ВАС РФ. Аналогичный подход применяется и по другим налоговым делам. Как неоднократно указывалось в конкретных постановлениях Президиума ВАС РФ, имущественное требование предъявляется и подлежит рассмотрению арбитражным судом на основании главы 22 АПК РФ. Срок исковой давности по таким требованиям составляет три года, а не три месяца, как при оспаривании акта. Подобный подход применен Президиумом ВАС РФ в Постановлении от 08.05.2007 N 16367/06».
То есть, если в результате уголовного процесса Вы пришли к выводу, что налоговая стребовала с Вас налога более чем положено, то Вы вправе предъявить требование о возврате излишне уплаченного налога.