Вы же сами написали, что часто прерывается с сообщением "невозможно удалить папку: папка не пуста", если это сообщение ложное, то коррупция файловой системы вполне возможна. В самом начале статьи отдельно указано "Примечание. В файловой системе NTFS папки интерпретируются как файлы особого типа. Поэтому слово «файл» в данной статье может означать как файл, так и папку." Вы пишите, что удаление затруднено с сетевых дисков, у Вас есть возможность, например с помощью RDP, подключиться к серверу и проверить наличие тех же проблем при удалении напрямую через проводник на сервере?