Здравствуйте, уважаемый Пашкевич Максим Иванович!

Восстановление системы, это как повезет, в том смысле, как Вы смогли ее испортить, соответственно и конечный результат. Но, думаю, надо принять все возможные меры.
Начнем с того, что программа для чистки системы, которую Вы применяли, по умолчанию, сохраняет резервную копию предыдущего состояния. Отыщите ее. Примерно, можно посмотреть:
Диск\Documents and Settings\Имя_пользователя\. Открыть скрытые и системные файлы...
Диск\Documents and Settings\Администратор\...
Если посчастливится отыскать, то щелкните, восстановить запись реестра.

Если же этот вариант не проходит, есть еще:
[b]Восстановление системы из контрольной точки[/b]

Или, может, еще попробовать:
(Меню «Start» (Пуск) —> All Programs (Все программы) —> Accessories (Стандартные) —> System Tools (Служебные) —> System Restore (Восстановление системы)).

С его помощью можно вернуть систему в состояние, предшествовавшее её краху, не прибегая к переустановке операционной системы. «System Restore» восстанавливает реестр, локальные профили, системные базы данных, а также системные файлы, которые она копирует по умолчанию в архив «Restore».
При этом нельзя восстановить что-либо одно — восстановлению подлежит либо всё, либо ничего.

«System Restore» работает в фоновом режиме и автоматически создаёт точку восстановления (restore point), когда происходит некое событие.
К числу таких событий относятся установка новых приложений (если программа установки приложения использует вызовы «System Restore» — restorept.api), выполнение «AutoUpdate», запуск процедуры восстановления с помощью «Microsoft Backup Utility», установка неподписанных драйверов.
Дополнительно «System Restore» автоматически создаёт точки восстановления по умолчанию каждый календарный день. Надеюсь, у Вас не отключено восстановление?

Если и это у Вас не работает, то:
На компьютере под управлением Windows вставьте компакт-диск Windows в соответствующий дисковод.
Нажмите кнопку Пуск и выберите команду Выполнить.
Введите следующие команды (где X: — буква, присвоенная дисководу компакт-дисков),
затем нажмите на клавиатуре клавишу ВВОД.
X:\i386\winnt32.exe /cmdcons
Примечание. Перед [b]/cmdcons[/b] необходимо поставить пробел.
Щелкните ОК и следуйте инструкциям для окончания загрузки.

Примечание. Это действие добавляет консоль восстановления [b]Windows[/b] в папку автозагрузки Windows.
Перезагрузите компьютер и выберите консоль восстановления в списке доступных операционных систем.

Или просто, вставьте диск с дистрибутивом и нажмите восстановить поврежденные файлы, правда в разных системах это по разному происходит, поищите нужный пункт.

Уж, если и это не получится, то посмотрите здесь:
[b]Справка и поддержка, разные методы[/b]

Успехов, Вам в этом нелегком труде.

Здравствуйте, Пашкевич Максим Иванович!
Многие программы подобного типа имеют возможность делать так называемый откат внесенных изменений посмотрите, повнимательнее в настройках вашего клинера. Должен быть создан набор фалов с расширением REG это файлы реестра их необходимо включить в ваш реестр обратно: просто запустить их и не вопрос системы ответь «да», или запустить regedit и выполнить «импорт» этих файлов.