Почитайте может поможет
http://argat.h11.ru/URBDStructure.html
http://www.mista.ru/articles1c/urbd.htm
По опыту работы с 1С Торговля Склад я бы сначала делал обмены с периферийными базами и потом то что относится к предприятию в целом делал на центральной базе а затем обменами выгружал результаты в периферийные базы. Удачи!!!