Здравствуйте, Darina!

Вопрос сложный. Сначала ответьте - всегда ли оплата может быть разнесена по конкретным счетам-фактурам? А если клиент платит просто сумму, говоря, что его не интересует, на какие счета-фактуры мы будем списывать? А если клиент платит авансом, потом бухгалтерия в конце месяца разносит несколько счетов-фактур от него, кто будет разбрасывать оплату по счетам-фактурам? А если, предположим, ваша бухгалтерия разбрасывает оплаты по принципу FIFO, погашая самые старые долги, а потом клиент приходит и говорит, что он платил за конкретную накладную, иначе у него со сбытом проблемы начнутся?

То есть, сначала решите административные вопросы, а уж потом - технические.

Технически я бы предложил такие решение: каждая счет-фактура, это договор. Можно даже сделать, что бы эти договора заводились автоматически и у контрагента был признак - делить взаиморасчеты по счетам-фактурам, или нет. Тогда переделывать достаточно будет только документы, по которым долг может возникнуть, а все оплаты, взаимозачеты будут оформляться штатными методами. И не надо будет делать отчеты - все бухгалтерия увидит в оборотке.
В первое время, что бы не влазить глубоко в доработку конфигурации, можно заставить бухгалтерию вручную заводить договора по счетам-фактурам. Пусть на своем опыте попробуют, нужна ли им на самом деле разбивка долгов по счетам-фактурам, или от нее больше проблем, чем пользы.

Есть, конечно, еще несколько вариантов технического решения.
Например, сделать забалансовые счета взаиморасчетов с разрезом по счетам-фактурам и переделать все документы, которые что-то двигают по 60 и 62. Сложно, долго и огромные проблемы при обновлении конфигурации.
Можно сделать отчет, который анализирует счета-фактуры и оплаты за какой-то достаточно большой период, собирает в один список все документы долга, в другой оплаты и рассчитывает, как бы долги гасились при учете по счетам-фактурам. Недостатки тут - нельзя разнести оплату на конкретный счет-фактуру, исключительно FIFO. Время формирования такого отчета может быть очень большим. В добавок, в случае автоматического, а не ручного/полуручного разноса оплат по счетам-фактурам, ввод какого-либо счета-фактуры или оплаты задним числом может совершенно изменить картину долгов в разрезе счетов-фактур.

Я бы порекомендовал уговорить бухгалтерию отказаться от ведения взаиморасчетом в разрезе счетов-фактур, а если не получится - воспользоваться первым вариантом. Главное - не автоматизировать лишнее и не брать на себя ответственность по раскидке оплат по счетам-фактурам.

Здравствуйте, Darina! Формируйте Бухгалтерский запрос с периодичностью Операция. При выборке результатов запроса по операции находите документ от этой операции (это приходная либо расходная смотря какой счет 60 или 62) затем ищете подчиненые ему счета фактуры. Все.