Здравствуйте, Николай Владимирович!
Тут может быть несколько причин... Кстати, винт у меня такой -же и я тоже замечал, что когда переполнишь, то тормозит. Правда, запись нормально идёт. Обязательно проверьте, в каком режиме работает винчестер. (PIO или UDMA). Возможно, что антивирус проверяет файлы при обращении к ним. Так же, если CHKDISK, как Вы сказали, раньше ошибки находил и исправлял, то желательно и поверхность диска проверить (это долго, но желательно, заодно и исправить их).
По поводу дефрагментации... Если не просит, то не факт, что не нужна. Я делаю каждую неделю (поэтому это недолго). Сам пользуюсь программой Raxco Perfect Disk 7.0. Она на английском, но там просто всё.
И ещё... Возможно, что-то с ОС. Зачем форматировать ВЕСЬ винт, если можно просто отформатировать раздел, на котором ОС установлена. Если у Вас один раздел, то это плохо. Очень. Тем более, для таких больших дисков.