Здравствуйте, Amfisat!
Вот пример такой программы. Некоторые моменты не очень рационально сделала, чтобы было соответствие заданию. Если нельзя использовать vector, пишите, переделаю на динамический массив.
Проверено на VS 2005, разночтений с 2008 по моему опыту быть не должно.
Удачи!

Приложение:
#include <conio.h>
#include <iostream>
#include <vector>
using namespace std;

struct Index { //запись для индексного файла
char name [3];
int begin;
int len;
};

void CreateIndexFile (char* inn, char* outn) //создать содержание
{
char *buf;
FILE* in = fopen (inn, "rt");
if (in == NULL) {
cout << "No input file";
return;
}

fseek (in, 0, SEEK_END); //переходим в конец файла
int size = ftell (in); //определяем текущую позицию - это будет длина файла
fseek (in, 0, 0); //возвращаемся на начало
buf = new char [size]; //выделяем память под буфер
fgets (buf, size, in); //читаем файл
fclose (in); //закрываем файл

FILE* out = fopen (outn, "wb"); //создаём файл для индекса

for (int i = 0; i<size-1; i++) { //идём по строке
Index tmp; //запись для индекса
tmp.name[0] = buf [i++]; //копируем имя
tmp.name[1] = buf [i++];
tmp.name[2] = '\0';
tmp.begin = i; //сохраняем начало
tmp.len = 0; //длина
while (buf[i]!='#' && i<size) {tmp.len++; i++;} //пока не встретим #
i++; //пропускаем #
fwrite (&tmp, sizeof (tmp), 1, out); //пишем в файл
}

fclose (out);
delete [] buf;
}

Index Found (char *inf, char *name) //поиск по имени в индексе
{
FILE* f = fopen (inf, "rb"); //открываем индексный файл
vector<Index> ind; //массив для хранения индекса
while (!feof(f)) { //читаем весь файл
Index tmp;
fread (&tmp, sizeof(tmp), 1, f); //читаем запись
ind.push_back (tmp); //пишем в массив
}
fclose (f);
for (int i = 0; i<ind.size(); i++) //ищем по массиву запись
if (strcmp(ind[i].name, name)==0) return ind[i];
Index tmp; //если не нашли, возвращаем пустую
tmp.name[0] = '\0';
tmp.begin = -1;
tmp.len = 0;
return tmp;
}

void Replace (char* inf, Index data, char* rby) //замена в файле
{
FILE* f = fopen (inf, "r+t"); //открываем файл для изменения
fseek (f, data.begin, SEEK_SET); //идём к записи
char * tmp = new char [data.len]; //буфер для новой строки
int len = strlen (rby);
for (int i = 0; i<data.len; i++) //копируем нужное количество из новой строки и дополняем пробелами, если надо
if (i<len) tmp[i] = rby[i];
else tmp[i] = ' ';
fwrite (tmp, 1, data.len, f); //пишем в файл
fclose (f);
delete [] tmp;
}

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[])
{
CreateIndexFile ("c:\\1.txt", "c:\\1.inf");
char buf [3], buf1 [200];
cout << "Found? ";
cin >> buf;
cout << "Replace? ";
cin >> buf1;
Replace ("c:\\1.txt", Found ("c:\\1.inf", buf), buf1);
//_getch();
return 0;
}