Проверьте на ошибки утилитой chkdsk

где x - раздел на Raid
повторите для всех разделов.

1) Уточните, пожалуйста, появились новые папки и файлы? Изменились занимаемые объемы старых папок и файлов? Изменился доступный объем физических/логических дисков?
2) Какой RAID используете?
3) Утилиты для работы с RAID шли в комплекте к материнской плате / RAID-контроллеру? Какие?

Советую проверить диски mhdd или victoria, но только с внешних носителей, если будут трудности с использованием спрашивайте, хотя инструкции у них довольно полные и четкие.
http://www.ihdd.ru/mhdd
http://www.hdd-911.com/

Если можете выложите скрин показаний SMART.

Возможно РЭЙД и был до дефрагментации, но был "снесен" програмой. Кажеться Winutillits Free незнает что такое РЭЙД.
А теневое копирование отключено?

Новые папки и файлы не появились, объемы старых папок и файлов не изменились, изменился доступный объем логических дисков - уменьшился почти до нуля. Использую только raid 0. Утилита для работы с RAID Intel Matrix Storage manager шла в комплекте к материнской плате MSI X58M.

Raid не снесен, копирование отключено.

Предложенные Вами утилиты опасаюсь использовать, поскольку не увидел в них поддержки ни райд-массивов, ни виндоус7. Хотя может я плохо смотрел)

Плохо читали мое сообщение или просто не поняли:

но только с внешних носителей

что означает, необходимо использовать загрузочный диск, дискету или флешку, чтобы использовать эти программы, я предпочитаю mhdd, если отважитесь, помогу, на самом деле использование довольно простое.

chkdsk не обнаружила никаких ошибок, но и ничего не изменила

Почитал документацию и faq по mhdd, там в нескольких местах подчеркивается, что программа сложная и опасная, а поскольку я в этом деле ноль, а разбираться нет времени, от греха подальше решил не использовать. Быстрее и безопаснее переустановить систему.

Дело в том что если у Вас есть плохие сетора на диске то переустановка от этого не спасает, проверка диска правда ничего не показала но лично я на эту системную утилиту не сильно надеюсь. Работа с mhdd мои действия загружаюсь с диска или дискеты, жму шифт+ф3, выбираю номером нужный винт, если просто проверка то два раза ф4, если проверка с функцией ремап то после первого ф4 включить ремап, все. Не знаю может и правда это сложно....

chkdsk не обнаружила никаких ошибок, но и ничего не изменила

Тогда стоит попробовать отключить "восстановление системы" на этих дисках и удалить теневые копии, если они делались. Если место освободится, то потом можно включить обратно.
Если не поможет, то стоит попробовать загрузиться с какого-либо не виндового livcd/livedvd и проверить, как эти разделы будут отображаться ntfs-3g. Если там все будет нормально, то можно попробовать уменьшить разделы до упора с помощью parted/gparted, затем увеличить обратно. Перед изменением разделов желательно сделать резервную копию.
Вероятность того, что свободное место оказалось занято плохими секторами очень низкая. Если бы лимит резервных секторов был бы исчерпан, вы заметили бы очень сильные тормоза и зависания компьютера. Разве что появились "faked bad clusters".
Еще есть вероятность того, что свободное пространство занято альтернативными потоками ntfs, которых насоздавала использованная утилита.
Просмотреть альтернативные потоки можно этой программой.

Если нужно вычистить не системный диск я бы загрузился с дискеты (если есть флоппи-привод) или с флешки (если позволяет BIOS) с DOS-загрузчиком, на которой есть утилиты для работы с NTFS. Удалил бы все "лишнее", т.е. все то что явно не нужно сохранить и потом загрузился с обычной Windows. Дело в том, что когда диск не системный нет опасности повредить OS и можно смело диск зачищать.
А уж потом можно по новой настроить резервное копирование.
Если же диск системный тут надо быть аккуратнее и знать что можно удалять, а что нельзя.
P.S. До перезагрузки с DOS-загрузчиком нужно отключить сервис резервного копирования и удалить точки восстановления, все кроме последней. Для того чтобы гарантированно ничто не обращалось к файлам на этом диске.

Дело в том, что когда диск не системный нет опасности повредить OS

Если это первый жесткий диск или первый раздел, видимый из винды, то еще как есть. Там может находиться загрузчик и если его вычистить, windows перестанет грузиться.

с DOS-загрузчиком, на которой есть утилиты для работы с NTFS

Работать с ntfs из-под DOS очень неудобно и медленно. Гораздо лучше использовать linux/FreeBSD + ntfs-3g. Лучше как в плане скорости, так и совместимости.

До перезагрузки с DOS-загрузчиком нужно отключить сервис резервного копирования и удалить точки восстановления, все кроме последней. Для того чтобы гарантированно ничто не обращалось к файлам на этом диске.

После перезагрузки уже точно ничто не сможет обращаться к файлам на всех дисках, так что отключать сервис резервного копирования не обязательно.
Точки восстановления имеет смысл удалить все без исключения и сделать резервную копию важных данных на сменный носитель.

Если это первый жесткий диск или первый раздел, видимый из винды, то еще как есть.

Вообще-то прежде чем что-то комментировать неплохо бы вчитаться в то что написано...

Дело в том, что когда диск не системный нет опасности повредить OS

Написанное означает, что вычищаемый раздел диска не содержит загрузчиков OS. Надеюсь это понятно без дополнительных комментариев.

Работать с ntfs из-под DOS очень неудобно и медленно.

Неумение работать из под DOS не означает, что это медленно и неудобно ;)

Лучше как в плане скорости, так и совместимости

Спорное утверждение, но продолжать обсуждение не буду.
Скорее это дело личных предпочтений и умений работать в той среде с которой больше знакомы.

Написанное означает, что вычищаемый раздел диска не содержит загрузчиков OS. Надеюсь это понятно без дополнительных комментариев.

Для неподготовленного пользователя "системный диск" - это диск C:, на котором находится каталог "windows" и каталог "Program files", а не диск E:, на котором находится несколько неприметных скрытых файлов (буквы можно поменять местами).

Неумение работать из под DOS не означает, что это медленно и неудобно ;)

Под чистым DOS сидел больше года (правда давно это было), потом долго работал в сеансах DOS из винды.
Работать с ntfs из под DOS плохо потому что:
1. В оболочке command.com (Мы говорим ведь о чистом досе, так?) нет автокомплита имен файлов и каталогов.
2. Длинные имена ntfs не могут быть отображены command.com, хотя раздел отлично смонтируется с соответствующим драйвером.
3. Небольшой объем оперативной памяти, доступной драйверу сильно замедляет работу (кэширование может помочь, но мы ведь говорим о чистом досе, без smartdrv).
4. Короткие имена могут отсутствовать на ntfs разделах, тогда довольно много файлов будет не доступно в принципе (хотя зависит от драйвера, возможно тогда имена будут заменены на inode numbers и файлы будут доступны, однако просмотреть их имена будет затруднительно).
5. Волков коммандер, нортон коммандер и т.п. не очень помогут в работе с большими каталогами (10000 файлов и более) и точно так же не покажут длинных имен.

Спорное утверждение, но продолжать обсуждение не буду.

Если сравнивать с чистым досом, то преимущество в скорости налицо.
В плане совместимости... Как вы получите доступ например к альтернативным потокам файлов из под DOS? Поддерживается ли драйвером сжатие файлов и efs? Максимальная совместимость, конечно обеспечивается использованием windows, но в данном случае это ведь не помогает...

Еще раз напомню, что надо ВНИМАТЕЛЬНО читать комментарии!
Речь шла о

Удалил бы все "лишнее"

, а значит абсолютно все равно, что имена файлов не полные, для удаления это не имеет никакого значения. Это первое.
Плюс ко всему, утилиты для работы с NTFS под DOS умеют корректно работать с длинными именами файлов. Это второе.
И третье. О "чистой" DOS речь не шла, на дискете отлично помещается и драйвер расширенной памяти EMM386 (чуть больше 120 Кб) и драйвер smartdrv (примерно 45 Кб) и утилита ntfs4dos (чуть больше 1,1 Мб). Как раз на дискете остается место на command.com, io.sys, msdos.sys и himem.sys и всякие другие мелочи типа драйвера мышки и клавиатуры.

Мы говорим ведь о чистом досе, так?

Это Вы говорите о чистом ДОСе, а я такого вообще не писал

У меня даже где-то лежала такая готовая дискета, со всеми необходимыми утилитами. Как говорится, "воткнул и полетели".
И на Distrib-DVD её образ должен быть.

В общем с тех времен, когда такие вопросы меня интересовали ситуация не слишком изменилась:
URL >>http://greenflash.su/forum/7-572-1
URL >>http://forum.ru-board.com/topic.cgi?forum=66&topic=0096
В общем если покопаться можно получить lfn, но насчет альтернативных потоков не понятно, получится ли их просмотреть/удалить...
Хотя ntfs4dos стала поддерживать запись в некоммерческой версии...

Видимо, придется удалить массив, только данные скопирую) Спасибо за ответ.

Всем большое спасибо!