scoop:FineReader, насколько я помню, может создавать pdf-документы. Когда-то давно я пользовался программой Tweak PDF Converter, результат мне очень понравился. Если текст отсканирован хорошо, то конвертирует все буква в букву, при этом сохраняет исходную архитектуру и форматирование текста.
Tweak PDF Converter (rus) Удачи!!!