Простите за глупость, почему никогда не ставить из исходников?

Не глупость, скорее неоытность, не надо заниматься самоуничижением.
По сути вопроса - как минимум, чтобы не нарываться на подобные проблемы. Я полагаю Вы еще не долго пользуетесь Линуксом? Просто дальше начнуться и другие проблемы, рано или поздно справится с которыми Вы просто не сможете, будь хоть 7ми пядей во лбу:
1) Чтобы удалить такое приложение, Вам нужно сохранить полностью директорию, в которой все компилилось, чтобы потом сделать make uninstall, и то, это если очень-очень повезет и разработчик это прописал. Могу сказать что я в своем проекте даже не собираюсь этого прописывать, ибо атавизм.
2) Далее, предположим Вы установили, mplayer работает. Пытаетесь поставить ну незнаю, скаежм mplayer-gui какой-нибудь, ставите пакет, а он говорит что Mplayer'
а-то у Вас и нету! И правильно говорит. Вы-то значете (пока можеет помнить что ставили таким образом) что он установлено - система-то нет!
3) Пытаетесь опяь собрать его из исходников, зная что он есть... а он Вам и говорит опять, не понятными сообщениями типа не хвает какой-то кучки библиотек... И Вы просто понятия не имете что он имеет ввиду, и где это взять. Именно потому, что зависимости каждого пакета, в которых четко прописаны зависиости разработчиками вроде - нужно это и это, не менее таких-то версий, но вот с таокй-то библиотекой, оно конфликтует, и нужна версия не больше вот этой. И в данном случае, даже использование автоматической системы пакетного менеджера, которая Вам помогла сейчас может уже не помочь - ибо опять же, микс, того что она не знает у Вас понаделано, и никто не проверял как это совместимо между собой.
4) В пакетах собранных под конкретный дистрибутив файлы лежат там, где должны для этого дистрибутива. Конфиги приведены в соответствие с политикой дистрибутива. Сами исходники часто патчатся на предмет соответствия необходимым параметрам, а часто и просто исправляют ошибки. К примеру, если Вы посмотрите скажем пакет ядра в Вашем дистрибутиве, то будете удивлены, от Сусе там будет пару десятков заплаток (патчей, patch) если не больше!!!
5) Ну и последнее. Для меня самое главное, надеюсь станет и для Вас. Вам зачем этот геморой, в том числе с разборками непонтяных сообщений, если все можно поставить автоматически одной коммандой???
Я, как мэйнтэйнер (не Сусе правда, Федоры, но не суть) и другие тысячи людей по всему свету бьются чтобы разобраться с зависимостями, решают проблемы, проходят ревью, проверяют, тестируют, отслеживают и исправляют баги именно для того чтобы результатом было пользоваться просто и удобно! Вы должны понять, что это мир свободного ПО, оно все для Вас. И если Вам скажем не нравится версия, имеющаяся в Вашем дистрибутиве, обычно совсем не обязательно заниматься изученим программирования и копанием в недрах скриптов чтобы поставить новую - чаще всего достаточно написать разработчикам (чаще всего это делается через автоматические системы вроде багтрекеров) с просьбой обновить версию. Для этих же целей, в багтрекерах ли, или в ВИКИ среде, сужествуют Wish-списки так называемые, то есть то, куда Вы можете написать, и попросить упаковать для вашего дистрибутива ту или иную программу, которая до сих пор не была упакована.

Спасибо. Все очень доходчиво.
И.. простите за наглость (и неопытность). В MPlayer`е сейчас при просмотре фильмов очень слабый звук, и ужасное качество при прослушивании музыки. В какую сторону копать? Как решить проблему?

Очень слабый? В смысле Вы максимально увеличили громкость им, а все равно тихо? А что, в других плеерах громче на этом же материале? Если нет, то вполне можно просто перекодировать звук, выполнив его нормализацию, и подняв на несколько децибел громкость. Для этих целей Вам вполне подойдет скажем AviDemux. Впрочем это уже совершенно другой вопрос вроде пошел...

А что значит "ужасное качество"? Опять же, только в МПлеере? Какой звук? Какой кодек, какие параметры записи?