Assign - назначает переменной файлового типа какое-то имя файла. Все файловые операции в программе идут именно посредством этих переменных.
А теперь смотрите, что Вы пишете:

assign(g,'WOW.doc');
reset(f);

Вы назначили переменной "g" имя файла "wow.doc" и открываете файл переменной "f". А где имя файла назначенное этой переменной? Оно чёрте где и искать его надо с фонарями. Присваивайте имя файла файловой переменной именно там, где Вы с этим файлом работаете, чтобы Ваша программа была понятной и не надо было бы рыскать по всему тексту пытаясь найти что бы означало то или иное выражение.

Сэр Анри, так ведь у нас f связана с S которую мы вводим с клавиатуры

Попробуйте ещё раз прочитать то, что я Вам написал. Если уж тогда не поймёте, то я и не знаю...

уже лучше! он старый файл удаляет,а в новом пишет тот же текст что и в старом! как заменить одно слово на другое?

Program CHANGE_WORD;
uses crt,graphABC;
var f,g:text;
s,s1,s2:string;

Procedure CHANGE(c1,c2:string);
var c:string;
begin
assign(f,'C:\Documents and Settings\Пользователь\Рабочий стол\WOW.txt');
assign(g,'C:\Documents and Settings\Пользователь\Рабочий стол\LOGO.txt');
reset(f);
rewrite(g);
while not eof(f) do begin
while not eoln(f) do
begin
read(f,c);
if c=c1 then c:=c2;
write(g,c);
end;
readln(f); writeln(g);
end;
close(f); close(g);
erase(f);
end;

begin
write('Первое слово: '); readln(s1);
write('Второе слово: '); readln(s2);
CHANGE(s1,s2);
readkey;
end.

Вот смотрите. Вы читаете построчно исходный файл, пока не достигнут конец файла и в прочитанной строке ищете, с помощью функции Pos() первое слово. Если оно найдено, то с помощью процедуры Delete удаляете из строки символы, начиная с найденой позиции (которую Вам даёт функция Pos() ) количество символов как длина первого слова. После этого вставляете втрое слово в строку с помощью процедуры Insert(). Все строки без исключения, и изменённые и неизменённые, записываете во второй файл. Сможете реализовать этот алгоритм?
У Вас там почти уже всё что надо, только добавьте то, что я Вам сказал и удалите те строки кода, которые не вписываются в алгоритм.

Смотрите я немножко подругому поступил я в процедуру влепил выделение слова из строки! но почему то во второй файл тот же самый текст добавляется! без преобразований!!

Program CHANGE_WORD;
uses crt,graphABC;
var f,g:text;
s1,s2:string;

Procedure CHANGE(c1,c2:string);
var c,st:string; n,l,r:integer;
begin
assign(f,'C:\Documents and Settings\Пользователь\Рабочий стол\WOW.txt');
assign(g,'C:\Documents and Settings\Пользователь\Рабочий стол\LOGO.txt');
reset(f);
rewrite(g);
while not eof(f) do begin
while not eoln(f) do
begin
read(f,c);
n:=length(c); { длина строки }
l := 1;
r := 1;
WHILE r<=n DO BEGIN
WHILE (c[l]=' ') and (l<=n) DO l:=l+1; { поиск начала слова }
r := l;
WHILE (c[r+1]<>' ') and (r+1<=n) DO r:=r+1; { поиск конца слова }
st := copy(c,l,r-l+1); { выделяем слово из строки }
l := r+1;
IF st = c1 THEN st:=c2; { Заменяем }
END;
write(g,c);
end;
readln(f); writeln(g);
end;
close(f); close(g);
erase(f);
end;

begin SetWindowCaption('Работа с файлами Автор: Антон Комаров,ИСТ-1-08');
write('первое слово: '); readln(s1);
write('второе слово: '); readln(s2);
CHANGE(s1,s2);
readkey;
end.

Комаров Антон Сергеевич
Вот это совершенно лишнее:

Конструкция
readLn(f,c);
Будет прекрасно читать целую строку файла, от начала и до конца.
К сожалению дальше я ничего не понял. Однако вот эта конструкция:

однозначно говорит о том, что Вы во второй файл записываете именно ту строку, которая была в первом.
Вот вариант с применением функции Pos():

спасибо!!