Здравствуйте, Kochenov-78!
Платить налог и штраф придётся, т. к. ООО "Х" фактически не платило налоги. И побыстрее, пока штраф не вырос ещё больше.
Уплаченную на чужой счёт сумму взыскивайте с владельца этого счёта. Узнайте в банке его адрес и обратитесь с просьбой вернуть деньги, перечисленные по ошибке. Если откажется, то через суд. А с виновного бухгалтера после расследования взыщите всю сумму расходов по уплате налога и штрафа.

Здравствуйте, Kochenov-78!
Ситуация предельно неясна. Что за налог? Какого уровня бюджет?... ИМХО: если вы не хотите платить штраф (и налог еще раз), то придется действовать через арбитраж. Надо смотреть судебную практику.
Так что бухгалтеру - клизтер и принять в штат юриста.

Здравствуйте, Kochenov-78!
Вам как руководителю необходимо почитать Налоговый кодекс. Налог считается уплаченным после поступления денег на расчетный счет налогового органа. Всё! Срочно надо его уплатить. Штраф, то же растет каждый день, надо платить. Все лишние расходы по уплате налогов повесьте на бухгалтера, это его профессиональный риск. Вернет бухгалтер деньги с другого расчетного счета и станет меньше должен. Только так можно решить данную проблему.

Здравствуйте, Kochenov-78!
1-2. В соответствии с п. 2 ст. 45 НК РФ Обязанность по уплате налога считается исполненной налогоплательщиком с момента предъявления в банк поручения на уплату соответствующего налога при наличии достаточного денежного остатка на счете налогоплательщика.
Поскольку в Вашем случае платежное поручение содержало неверные реквизиты получателя средств, то обязанность по уплате налога не можут считаться испоненной, в связи с чем, представляется, за Вами остается обязанность по уплате данного налога.
Что касается штрафа:
Ваша ситуация должна служить смягчающим ответственность основанием согласно ст. 112 НК РФ.
Согласно ст. 114 НК РФ При наличии хотя бы одного смягчающего ответственность обстоятельства размер штрафа подлежит уменьшению не меньше, чем в два раза по сравнению с размером, установленным соответствующей статьей главы 16 НК РФ за совершение налогового правонарушения.
Поэтому считаю, что если штраф не уменьшен, то есть основания для оспаривания решения налогового органа о привлечении к ответственность в этой части.
3. Данная сумма является собой неосновательное обогащение того лица, на чей счет она поступила, а потому подлежит взысканию по ст. 1102 ГК РФ (см. Приложение). Основанием взыскания (по сути - доказательством) станет указание назначение платежа в платежном поручении.
С уважением, before.

Приложение:
Статья 1102. Обязанность возвратить неосновательное обогащение1. Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.2. Правила, предусмотренные настоящей главой, применяются независимо от того, явилось ли неосновательное обогащение результатом поведения приобретателя имущества, самого потерпевшего, третьих лиц или произошло помимо их воли.