Здравствуйте, Sager!
1) Нет, надбавка за учёную степень распространяется только на научно-педагогических работников высшего учебного заведения (п.5 ст. 30 Федерального закона от 22 августа 1996 года N 125-ФЗ «О высшем и послевузовском профессиональном образовании» (в ред. Федерального закона от 21.12.2009 N 333-ФЗ)) либо на штатных сотрудников научных организаций, финансируемых за счёт средств федерального бюджета (п. 3 ст. 4 Федерального закона от 23 августа 1996 г. № 127-ФЗ «О науке и государственной научно-технической политике» (в ред. Федерального закона от 02 августа 2009 г, № 217-ФЗ)), да и то, если квалификационными требованиями данной должности предусмотрены научные степени.
2) Да, уволиться придётся, но это не значит, что в этой организации Вы не сможете дальше работать: запись о поступлении в очную аспирантуру вносится в трудовую книжку, поэтому работать Вы сможете только по совместительству. Необходимо предоставить из аспирантуры индивидуальный график обучения, а дальше уже решать с работодателем на какой режим работы или на какую ставку Вам переходить/устраиваться.
Аспирантура относится к послевузовскому (= второе высшее) образованию, поэтому отпуск оплачивать, даже частично, работодатель не обязан (ст. 177 ТК РФ: гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с обучением, предоставляется при получении образования впервые). Однако, как следует из п.11 ПОЛОЖЕНИЯ
О ПОДГОТОВКЕ НАУЧНО - ПЕДАГОГИЧЕСКИХ И НАУЧНЫХ КАДРОВ В СИСТЕМЕ ПОСЛЕВУЗОВСКОГО ПРОФЕССИОНАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ
В РФ(в ред. Приказов Минобразования РФ от 16.03.2000 N 780, от 27.11.2000 N 3410), отпуск с сохранением з/п Вам будет предоставлен, но только для завершения диссертации (3 месяца - для соискателей степени кандидата наук).