Здравствуйте, Sattva!
Если я правильно поняла, то когда человек уходит в отпуск, в его отделе выплачивают меньшую премию.
В таком случае действуют только локальные нормативные акты, т.е. необходима точная формулировка пункта в трудовом договоре об оплате труда и Положение о премировании, с которым кстати Вы должны были быть ознакомлены. На основе этих документов можно уже говорить о правомерности или неправомерности действий работодателя.

Приложение:
Статья 135. Установление заработной платы
Заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда.
Системы оплаты труда, включая размеры тарифных ставок, окладов (должностных окладов), доплат и надбавок компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, системы доплат и надбавок стимулирующего характера и системы премирования, устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.
Локальные нормативные акты, устанавливающие системы оплаты труда, принимаются работодателем с учетом мнения представительного органа работников.