Здравствуйте, Воронеев Евгений Владимирович.
В данном случае Ваш контрагент не прав.
В соответствии с п.1 и 3 ст.168 НК в случае получения налогоплательщиком сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, реализуемых на территории Российской Федерации, налогоплательщик обязан предъявить покупателю этих товаров (работ, услуг), имущественных прав сумму налога, исчисленную в порядке, установленном пунктом 4 статьи 164 настоящего Кодекса. При реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, а также при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав выставляются соответствующие счета-фактуры не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг), со дня передачи имущественных прав или со дня получения сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.
То есть, Вы обязаны выставить ему счёт-фактуру на аванс.
После выполнения НИР, Вы заполняете также 2 экземпляра счета-фактуры, но уже на выполненную работу. Для этого отведен тот же срок, что и для оформления документа на аванс, — 5 дней. Первый экземпляр передаёте покупателю, второй подшиваете в журнал учета выданных счетов-фактур и регистрируете в книге продаж. Одновременно с этим авансовый счет-фактуру регистрируете в книге покупок. По нему сумму налога, ранее начисленную с аванса, принимают к вычету.
То есть сорнирование делать не нужно. Ещё информацию можете получить здесь.