Здравствуйте, Дмитрий Алексеевич! Увольнять любого работника Вы должны в соответствии с нормами трудового законодательства. Иными словами, если дата не определена соглашением сторон, то расторгнуть трудовые отношения Вы должны через 14 дней после подачи заявления от работника.
Что касается суммированного учёта рабочего времени, то порядок его введения определяется Правилами внутреннего распорядка организации (ст.104 ТК), где работодатель и должен прописать все условия применения этого учёта к определённым работникам (профессиям) за определённые отчётные периоды. Следует помнить, что компенсирование переработанных часов в одни дни недоработкой в другие и взаимный зачет этих часов допускается лишь в пределах установленного периода. Конечно, в случае, если по какой-то причине общая продолжительность рабочего времени за учетный период превышает нормальное число рабочих часов, установленных Производственным календарём на определённый год, переработка должна оплачивается по нормам, установленным ст. 152 ТК для сверхурочных работ. Однако в Вашей ситуации вопрос об отклонении от нормальной продолжительности рабочего времени будет решён не в пользу работника, ведь норматив рабочего времени исчисляется календарным годом. Иными словами, работник может рассчитывать на сверхурочные, только если отзовёт своё заявление и напишет его вновь за две недели до окончания календарного года.

Здравствуйте, Дмитрий Алексеевич!
Предприятие должно уволить такого работника в порядке предусмотренном для увольнения по собственному желанию (ст.80 ТК), с соблюдением требований установленных ст.ст.84.1, 127, ст.140 ТК.
День увольнения (последний день работы работника) и будет для него тем учётным периодом, за который Вы должны произвести с ним расчёт - выплатить заработную плату (ст.140 ТК).
От общего количества отработанного за это время Вы вычитаете ному рабочего времени, которая рассчитывается в соответсвии с Приказом Минздравсоцразвития России от 13 августа 2009 г. N 588н "Об утверждении Порядка исчисления нормы рабочего времени на определенные календарные периоды времени (месяц, квартал, год) в зависимости от установленной продолжительности рабочего времени в неделю".
Оставшееся время - это сверхурочная работа - работа, выполняемая работником по инициативе работодателя за пределами установленной для работника продолжительности рабочего времени: ежедневной работы (смены), а при суммированном учете рабочего времени - сверх нормального числа рабочих часов за учетный период (ст.99 ТК).
Для оплаты сверхурочной работы установлен единый порядок оплаты: за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы - не менее чем в двойном размере (ст.152 ТК).