Здравствуйте, petruxa.
Не имеет защиты от копирования с точки зрения функционирования nLite. Вероятнее всего, Ваш инсталляционный диск просто повреждён.
Более того, программа nLite не требует копирования дистрибутива куда-либо, т.к. работает с папкой I386 из самого дистрибутива. Возможно, Вы воспользовались какой-либо новой или нестандартной функцией (с помощью плагинов, например) nLite, которая потребовала остальных файлов из дистрибутива (попробуйте ими не пользоваться).
Так же возможен случай, что Ваш дистрибутив является адаптированным производителем компьютера под Ваше конкретное оборудование - типа того, что Вы пытаетесь сделать для своего RAID, было уже сделано производителем для какой-либо другой версии RAID, для вашей материнской платы и т.п. - мне встречалось, что nLite очень часто отказывался работать с такими уже изменёнными дистрибутивами. Увы, в таком случае ничего, кроме как воспользоваться последней версией nLite, предложить не могу.
P.S. И последнее замечание насчёт таки Вашего желания что-то там "скопировать": nLite работает таким образом, что не изменяет те или иные механизмы защиты Windows от нелегального использования, причём предполагает, что они исправно функционируют: если Ваш дистрибутив - пиратский - не удивляйтесь, что он стал неработоспособным после Ваших с ним манипуляций; купите соответствующую версию Windows - никогда не видел, чтобы у nLite были проблемы не OEM (с "коробочными") дистрибутивами Windows.
P.P.S. Прочие варианты следует обсуждать на форуме поддержки nLite с автором программы.