Отделите мух от котлет.
Ранее Вы грузились с жесткого диска, там Windows 7 Ultimate, которая сейчас не загружается.
Теперь грузитесь с флэшки, там Microsoft Windows PE, и это никак не связано, какая система на жестком диске.

Через жёсткий диск загрузка ОС не идёт,

Конкретно, какие сообщения при этом?
При загрузке с флэшки Вы видите разделы жесткого диска, файлы на них?

Когда винда нормально работала, естественно загрузка шла через жёсткий диск. Что-то пошло не так, и она стала слетать при загрузке, то с синим, то с чёрным экраном. Пробовал и через безопасный режим, и последнюю удачную загрузку... Windows не хочет грузиться совсем. Поэтому и делаю загрузку с установочной флешки, на которой есть доп. программы, AID64, в том числе. Он мне и показывает, что на компе стоит ОС, указанная выше. Все файлы на компе также я могу видеть, так как помимо AID64, достаточно других полезных программ.

В Windows 7 вообще стоит забыть о точках восстановления системы, часто они дают сбой и всё, система не работоспособна, даже когда есть несколько точек сохранения.
Для начала попытайтесь все таки вручную попробовать восстановить свою винду:
Восстановление загрузчика Windows 7
Если получиться, то далее стоит просканировать систему на счет вирусов, проверки целостности системных файлов командой sfc, переустановить все основные драйвера, может и что получиться. Но всё таки рекомендую переустановку начисто, а прикладное ПО придется устанавливать заново, но есть возможность до этого сохранить документы, файлы куда нибудь на внешний носитель, с настройками можете попрощаться, всё заново. А далее пользуйтесь сторонними программами тип Acronis, пользуюсь не первый год и она выручала иногда, думал, в безнадежных ситуациях.

Что-то пошло не так, и она стала

Извините, но САМО ПО СЕБЕ на ОСи пойти не так, принципиально не может, это либо последствия установки её обновлений(случаем не прерывали установку?) и действий пользователя. (аппаратные проблемы пока исключим, хотя БП старый?)
Итак, случаем не припомните после каких событий началось "слетание" ? К слову, в таких случаях обычно восстанавливают загрузчик ОС, ну смотрят "здоровье" диска, вариативно: средствами самой ОС, либо сторонними.
Насчёт PE
https://zen.yandex.ru/media/mywebpc.ru/chto-takoe-windows-pe-ispolzovanie-ogranicheniia-zagruzka-i-mnogoe-drugoe-5c8603d071d0b100b3b646f9
PS Конфигурацию не назовёте? Ну хоть диск, количество его разделов и заполненность, его SMART.
PPS Восстановление http://kompiklava.ru/vosstanovlenie-windows-7.html

http://www.winblog.ru/win7/1147767707-27091102.html

Загрузились с флэшки в Microsoft Windows PE, что иное может увидеть AID64? Или я что-то недопонимаю, не работал с AID64.

что иное может увидеть AID64?

Однозначно, только ту ОС с которой загрузился, но никак ту, которая была установлена на диске.
А посетитель хочет узнать, какую ОС можно установить на его бук.
Ответ: практически любую, кроме iOS и Windows 7, если нет интегрированной видеокарты, а процессор имеет встроенное видео 8-го поколения.
А так разброс ОС на выбор посетителя: от DOS до различных версий пингвина.

Вы спрашивали "что иное может увидеть AID64?" - AID может увидеть всё, что запрограммировал её разработчик.
Вы же сами научили меня программировать. Даже в простейшем прог-языке VBScript есть иструмы диагностирования ПО и железа.
Например команда FSO.Drives читает все носители, подключенные к ОперСистеме (родительской).
FSO.Drives.DriveType выявляет ТипНосителя. Можно выбрать HDD-разделы, игнорируя флэшки, DVD и сетевые диски.
FSO.GetFolder(ИмяРодителя).SubFolders возвращает объекты всех под-папок на выбранных дисках.
а FSO.GetFolder(ИмяПаки).Files - объекты всех файлов в выбранных папках.

Значит, Ваш скрипт, как и AID64 , загруженные с одного носителя, могут без особого труда найти файл реестра ОперСистемы на другом жёстком диске.
Зачитав в чужом обнаруженном реестр-файле параметр HKLM\software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\CurrentVersion , можно однозначно узнать версию исследуемой ОС. Например, верси 5.1 - это WinXP, а 6.3 - это Win8.1 .

Много лет мой скрипт исправно читал системы моих клиентов. Сбои начались в Win10 , где мой скрипт показывал, будто это Win8.1 . Оказалось, многие хакеры стали делать Win-сборки и вписывать в указанный параметр дезынформирующие данные. И тогда разработчики ОС Win10 стали прописывать верси в др месте. Win10-версия доступна для чтения ч-з WMI .

На компе стояла win 7, я бы поборолся за ее восстановление, если это не железячные проблемы. И не вижу никаких причин невозможности переустановить win 7. Вот есть описание. Естественно, надо иметь нормальный установочный диск. И быть уверенным, что жесткий диск жив и не сыпется. Кстати, частая проблема со шлейфом hdd. Что остальные устройства исправны - у меня были проблемы с видео, система при загрузке шла на синий экран. После замены чипа - всё прекрасно загрузилось без какой-либо возни с системой.
Алексеев Владимир Николаевич,очень сильно сомневаюсь, что указанная утилита позволяет посмотреть версию операционки на диске, с которого не загрузились.Имхо, утилита показывает версию загруженной системы. Система загружена с флешки. Её и видим.

я бы поборолся за ее восстановление

Вся фишка в том, что может это сделать fynefy83 (т.е. понимает ли он, что для этого необходимо) или не может?
Опыт мне подсказывает, что проще (менее затратно) по-чистой с нуля все поставить.

что жесткий диск жив и не сыпется

Тоже не проблема проверить, средств предостаточно.

утилита показывает версию загруженной системы

Совершенно верно, разговор шел о том, что может прочитать айда, а не о том, что читает скрипт уважаемого Владимира Николаевича. Опять же, не каждый юзер по номеру версии из реестра ОС догадается о какой идет речь. Многие даже не догадываются о самом реестре.

И вывод таков, если нет гарантии на бук - то и нет необходимости ставить ту же версию ОС, какая была предустановлена. В нете довольно много различный сборок драйверов и как правило проблем с драйверами не возникает. Так что, выбор за юзером.