Здравствуйте, bars.66!

Решение Вашего вопроса состоит в том, чтобы в цикле по строкам, каждую строку с помощью функции explode разбить по знаку запятой, а затем в готовый двумерный массив сложить все значения.

Следует только учитывать, что в php нумерация начинается с нуля, поэтому $a[0][0] на самом деле означает "первый столбец, первая строка".



Приложение:
<?php
$strings = file("abc.txt"); //выводим файл в массив
$str_count = count($strings); //считаем кол-во строк

$final = array(); //здесь у нас будут храниться готовые значения
for ($i = 0; $i < $str_count; $i++) { //проходимся по строкам
$cur_string = explode(",", $strings[$i]); //каждую из которых разбиваем по запятой
for ($j = 0; $j < count($cur_string); $j++) { //проходимся по каждой из строк
$final[$i][$j] = $cur_string[$j]; //и складываем получившиеся значения в двумерный, заранее инициализированный массив
}
}
?>