Честно говоря, непонятно, в чем проблема.
Пишем функцию, одним параметром даем имя файла, вторым - куда писать данные.
Далее, в цикле, получаем имена всех файлов и вызываем нашу функцию...
В чем проблема-то?

проблема в том, что для извлечения данных из файла нужно устанавливать указатель на то место, откуда нужно извлечь. Но т.к. я написал выше, что во всех файлах хранится разная информация, кроме структуры таблиц(одинаковое количество строк, столбцов, название столбцов и т.д., кроме значений, они в каждой таблице свои), ток указатель ставится на разную позицию. Например в первом файле с помощью функции fseek ставится указатель на 102 элемент, а в другом файле, на 105, в третьем на 103 и т.д.
Пример: извлечение из первого файла
fseek(fd,100,SEEK_SET);
fread(&P,sizeof(long),1,fd);
извлечение из второго файла
fseek(fd,105,SEEK_SET);
fread(&P,sizeof(long),1,fd);
извлечение из третьего
fseek(fd,103,SEEK_SET);
fread(&P,sizeof(long),1,fd);
Для каждого файла указатель задаю вручную, но мне надо сделать, чтобы задавалось как-нибудь автоматически, т.к. указатель почти во всех файлах разный.

Что мешает создать файлик, в котором задать в каждой строке имя файла и позицию в файле?
Читаем файл и отрабатываем.
Все равно ж надо как-то задать этот указатель! Так, раз описать и пользуйся...