Здравствуйте, Бабалян Арутюн Варданович ::: ameno!
Отвечая на вопросы исходя из имеющейся информации: если во время обеда оказание услуг не прерывается, то указанная практика сокращения оплаты незаконна.
В случае отказа заказчика оплачивать услуги по договору имеет место фактически неисполнение договора заказчиком (в приложении приведена норма закона, запрещающая такое действие).
Бороться без вреда для исполнителя по договору можно путем переговоров. Заказчику нужно разъяснить, что его действия неправомерны, что договор заключен на одну сумму, а выплачивается другая, что такая "экономия" есть элементарное несоблюдение договоренности и выглядит совершенно недобросовестно со стороны фирмы, может ухудшить деловую репутацию организации.
Защита нарушенных прав при невозможности урегулировать вопрос путем переговоров скорее всего приведет к возникновению конфликтной ситуации, прекращению договоров. Такая защита может осуществляться любым допустимым законом способом: начиная от письменных претензий "работодателю" с обоснованием позиции и указанием на последующее обращение в судебные или административные органы в случае неисполнения договора, и заканчивая обращением в суд.
Для наиболее полного ответа на вопросы, было бы лучше, если Вы приложите текст договора (без персональных данных). Это необходимо для понимания того, что за график ведет заказчик по договору, как вообще осуществляется приемка оказанных услуг.

Приложение:
Статья 310. Недопустимость одностороннего отказа от исполнения обязательства

Односторонний отказ от исполнения обязательства и одностороннее изменение его условий не допускаются, за исключением случаев, предусмотренных законом. Односторонний отказ от исполнения обязательства, связанного с осуществлением его сторонами предпринимательской деятельности, и одностороннее изменение условий такого обязательства допускаются также в случаях, предусмотренных договором, если иное не вытекает из закона или существа обязательства.

ст. 310, "Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 30.11.1994 № 51-ФЗ

Здравствуйте, Бабалян Арутюн Варданович ::: ameno!
В договоре для заказчика время обеда исполнителя не волнует (ели бы волновало указал бы в договоре), для него главное сама услуга, ее качество. Следовательно я бы вам посоветовал в рамках вашего договора самому определить время для обеда и положить телефон на стол. Елси Заказчик спросит что за дела, скажете что у вас обед, время в договоре не определено, значит на свое усмотрение. Если что-то его не устраивает, можно договориться и без обеда как раньше, но с полной оплатой времени. Если в табеле отмечают неверное время, нужно самостоятельно вести учет рабочего времени: отмечать время своего прихода и ухода на вахте, завести свой журнал и расписываться в приеме и передаче смены со своими сменщиками, они в случае чего подтвердят устно и письменно реальное время работы. И, наконец результат услуг, можно зафиксировать актом оказанных услуг, который составлять каждую смену и подписывать самому и передавать на подпись заказчку. Когда-нибудбь заказчику вся эта ситуация надоест, и, либо он захочет расторгнуть договор, либо будет его соблюдать как положено. Уволить вас не могут, т.к. вы работаете в рамках гражданского договора об оказании услуг, а договоы должны исполняться в соответствии с их условиями, надлежащим образом, такого онснования как уольнение работника там не может быть. Удачи!