скачал, сразу переупаковал рекомендованым вами MkvMerge :
он не увидел PCM потока в исходном файле, только DTS, зато картика в выходном mkv осталась нормальной и ни какого дрожания или нарушения черезстрочности я не заметил:
General
Unique ID : 220467637163225925924804286949277788175 (0xA5DC85BD313BDEBC9D23439F233F680F)
Complete name : D:\DL\2011\12\Foreigner_Live_2008\BDMV\STREAM\00004_m.mkv
Format : Matroska
Format version : Version 2
File size : 19.1 GiB
Duration : 1h 44mn
Overall bit rate : 26.2 Mbps
Encoded date : UTC 2012-03-04 03:47:24
Writing application : mkvmerge v5.3.0 ('I could have danced') built on Feb 9 2012 10:38:07
Writing library : libebml v1.2.3 + libmatroska v1.3.0
Video
ID : 1
Format : AVC
Format/Info : Advanced Video Codec
Format profile : High@L4.1
Format settings, CABAC : Yes
Format settings, ReFrames : 3 frames
Muxing mode : Header stripping
Codec ID : V_MPEG4/ISO/AVC
Duration : 1h 44mn
Bit rate mode : Variable
Bit rate : 24.1 Mbps
Maximum bit rate : 35.0 Mbps
Width : 1 920 pixels
Height : 1 080 pixels
Display aspect ratio : 16:9
Frame rate : 29.970 fps
Standard : NTSC
Color space : YUV
Chroma subsampling : 4:2:0
Bit depth : 8 bits
Scan type : Interlaced
Scan order : Top Field FirstBits/(Pixel*Frame) : 0.387
Stream size : 17.6 GiB (92%)
Color primaries : BT.709-5, BT.1361, IEC 61966-2-4, SMPTE RP177
Transfer characteristics : BT.709-5, BT.1361
Matrix coefficients : BT.709-5, BT.1361, IEC 61966-2-4 709, SMPTE RP177
Audio
ID : 2
Format : DTS
Format/Info : Digital Theater Systems
Format profile : MA / Core
Muxing mode : Header stripping
Codec ID : A_DTS
Duration : 1h 44mn
Bit rate mode : Variable
Bit rate : 1 561 Kbps / 1 510 Kbps
Channel(s) : 6 channels
Channel positions : Front: L C R, Side: L R, LFE
Sampling rate : 48.0 KHz
Bit depth : 24 bits
Compression mode : Lossless / Lossy
Language : English
А вот Format Factory, действительно отказался корректно работать :(
хотя увидел обе звуковых дорожки и воспроизводил оригинальный файл и DTS и PCM, на выходе, после нескольких попыток выдавал разные неправильные файлы ...:(
думаю ответ корректной переупаковки надо искать здесь:
Combined Community Codec Pack, или у создателей формата:
MKV