Здравствуйте, Lokki12!
Пунктом 10 статьи 38 (срок военной службы для военнослужащих, проходящих военную службу по призыву или по контракту) Федерального Закона "О воинской обязанности и военной службе" от 28 марта 1998 г. № 53-ФЗ для военнослужащих по призыву установлено начало военной службы со дня убытия из военного комиссариата субъекта Российской Федерации [s]военного комиссариата[/s] к месту прохождения военной службы.

О дате убытия делается отметка военного комиссара субъекта РФ в военном билете и УПК (учетно-послужной карточке) военнослужащего, которой и руководствуется командир воинской части при определении даты увольнения.
В Вашем случае, скорее всего, разница в сроках, отностительно даты прибытия в военный комиссартиат (согласно повестке), в три дня возникла из-за времени, которое Ваш сын, будучи призывником, проходил меропрития, касаемые призыва, в военном комиссариате района, затем субьекта РФ, и комплектования команды, предназначенной для конкретной воинской части конкретного вида Вооруженных Сил (или другого органа исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба) согласно предназначения (установленного призывной комиссией) и имеющегося наряда в военном комиссариате.

PS. На моей памяти были военнослужащие, которые, в силу различных причин, находились на сборном пункте военного комиссариата более месяца, тем не менее военная служба которых де-юре началась только в день убытия к месту службы.