Здравствуйте, Andre!
1. Ситуация у вас действительно неопределенная. Однако то, что вы добровольно платите в обоих квартирах говорит о вашем согласии с выставленными требованиями. Так что на перерасчет у вас шансов мало.
2. Поскольку вы фактически уже проживаете в новой квартире, то разумнее будет прекратить платежи в прежней. Направте в коммунальные службы письменное уведомление о прекращени платежей по причине фактического проживания по другому адресу и приложите к нему копии платежных документов об оплате услуг в новой квартире.
3. Что касается регистрации новой квартиры, то не изучив документы могу предложить лишь 2 возможных способа решения вопроса:
3.1. Потребовать привлечения застройщика к ответственности за неисполнение судебного решения о выдаче акта приема-передачи (ст. 85 Федерального закона "Об исполнительном производстве").
3.2. Предъявить новый иск, уже не о выдаче акта, а о признании права собственности на указанную квартиру. В этом случае вступившее в законную силу решение суда о признании права собственности само будет достаточным основанием для регистрации; акт приема-передачи не потребуется.
___________

Приложение:
Федеральный закон от 21 июля 1997 г. N 119-ФЗ"Об исполнительном производстве"Статья 85. Ответственность за неисполнение исполнительного документа, обязывающего должника совершить определенные действия или воздержаться от их совершения1. В случае неисполнения без уважительных причин исполнительного документа, обязывающего должника совершить определенные действия или воздержаться от их совершения, в срок, установленный судебным приставом-исполнителем, он в соответствии со статьей 73 настоящего Федерального закона выносит постановление о наложении на должника штрафа в размере до 200 минимальных размеров оплаты труда и назначает ему новый срок для исполнения.2. При последующих нарушениях должником без уважительных причин новых сроков исполнения исполнительного документа размер штрафа каждый раз удваивается.3. При повторном неисполнении без уважительных причин исполнительного документа судебный пристав-исполнитель вносит в соответствующие органы представление о привлечении к административной или уголовной ответственности, предусмотренной законодательством Российской Федерации, гражданина или должностного лица, которые в силу своих служебных обязанностей должны исполнить исполнительный документ.4. Постановление судебного пристава-исполнителя о наложении штрафа утверждается старшим судебным приставом. Оно может быть обжаловано в соответствующий суд в 10-дневный срок.Федеральный закон от 21 июля 1997 г. N 122-ФЗ"О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним"(с изменениями от 5 марта, 12 апреля 2001 г., 11 апреля 2002 г., 9 июня 2003 г., 11 мая, 29 июня, 22 августа, 2 ноября, 29, 30 декабря 2004 г., 5, 31 декабря 2005 г., 17 апреля, 3, 30 июня, 18 июля 2006 г.)Статья 16. Представление документов на государственную регистрацию прав1. Государственная регистрация прав проводится на основании заявления правообладателя, сторон договора или уполномоченного им (ими) на то лица при наличии у него нотариально удостоверенной доверенности, если иное не установлено федеральным законом.В случае, если права возникают на основании акта государственного органа или акта органа местного самоуправления, заявление о государственной регистрации права подается лицом, в отношении которого приняты указанные акты.При уклонении одной из сторон договора от государственной регистрации прав переход права собственности регистрируется на основании решения суда, вынесенного по требованию другой стороны. Убытки, возникшие в результате приостановления государственной регистрации прав, несет уклоняющаяся сторона.Статья 17. Основания для государственной регистрации прав1. Основаниями для государственной регистрации наличия, возникновения, прекращения, перехода, ограничения (обременения) прав на недвижимое имущество и сделок с ним являются:акты, изданные органами государственной власти или органами местного самоуправления в рамках их компетенции и в порядке, который установлен законодательством, действовавшим в месте издания таких актов на момент их издания;договоры и другие сделки в отношении недвижимого имущества, совершенные в соответствии с законодательством, действовавшим в месте расположения объектов недвижимого имущества на момент совершения сделки;акты (свидетельства) о приватизации жилых помещений, совершенные в соответствии с законодательством, действовавшим в месте осуществления приватизации на момент ее совершения;свидетельства о праве на наследство;вступившие в законную силу судебные акты;акты (свидетельства) о правах на недвижимое имущество, выданные уполномоченными органами государственной власти в порядке, установленном законодательством, действовавшим в месте издания таких актов на момент их издания;иные акты передачи прав на недвижимое имущество и сделок с ним заявителю от прежнего правообладателя в соответствии с законодательством, действовавшим в месте передачи на момент ее совершения;иные документы, которые в соответствии с законодательством Российской Федерации подтверждают наличие, возникновение, прекращение, переход, ограничение (обременение) прав.Обязательным приложением к документам, необходимым для государственной регистрации прав, являются кадастровый план земельного участка, план участка недр и (или) план объекта недвижимости с указанием его кадастрового номера. Представление кадастрового плана земельного участка не требуется, если кадастровый план данного земельного участка ранее уже представлялся и был помещен в соответствующее дело правоустанавливающих документов.Проверка юридической силы представленных на государственную регистрацию прав правоустанавливающих документов осуществляется органом, осуществляющим государственную регистрацию прав.2. Не допускается истребование у заявителя дополнительных документов, за исключением указанных в предыдущем пункте, если представленные им документы отвечают требованиям статьи 18 настоящего Федерального закона и если иное не установлено законодательством Российской Федерации.Перечень документов, необходимых для государственной регистрации прав, установленный настоящей статьей, должен быть доступен для ознакомления заинтересованными лицами.