Здравствуйте, Филиппов Алексей Константинович!
Если бы протокол был составлен немедленно после совершения правонарушения, то действия милиционера по изъятию водительского удостоверения были бы правомерны, т. к. ч. 1 ст. 12.10 предусматривает лишение права управления ТС.
НО протокол об административном правонарушении составлен с нарушением сроков (положено составлять немедленно, в крайнем случае, в пределах 2-х суток с момента совершения административного правонарушения), т. е. нарушен порядок привлечения к ответственности. Надеюсь, Вы в протоколе это записали и дату поставили реальную, а не 14 декабря? Административного расследования не было, иначе Вы об этом знали бы.
Всё просто. Пишите заявление прокурору района с просьбой о привлечении инспектора, составившего протокол, к уголовной ответственности по ст. 286 УК РФ, как существенно нарушившего Ваши права и превысившего должностные полномочия. Прокурору в заявлении расскажите о всех обстоятельствах дела, назвав имена и адреса свидетелей. Желательно и водителей тех машин, которые проезжали переезд вместе с Вами, если сможете их разыскать. Чтобы подтвердили, что дежурный по переезду разрешал проезд. Но и те свидетели, которые ехали вместе с Вами, тоже имеют право дать показания.
На комиссии заявите ходатайство о перенесении срока рассмотрения дела до вынесения решения прокурором (прокурору можно подать заявление 29 января). Время рассмотрения просто обязаны будут перенести до принятия решения прокурором. А он рассмотрит не раньше, чем в 2-недельный срок (из опыта). 15 февраля Вам уже никто никакого административного взыскания объявить не сможет, т. к. пройдёт 2-месячный срок привлечения вынесения постановления по делу, который определён ст. 4.5 КоАП. Это 100-процентный вариант. Иначе есть большой шанс прав лишиться.
Если есть вопросы, пишите в форум или личку, есть большой опыт решения подобных вопросов.
Обычно в таких случаях на комиссии передают повестку в суд, который однозначно лишает.

Приложение:
Статья 28.5. Сроки составления протокола об административном правонарушении 1. Протокол об административном правонарушении составляется немедленно после выявления совершения административного правонарушения. 2. В случае, если требуется дополнительное выяснение обстоятельств дела либо данных о физическом лице или сведений о юридическом лице, в отношении которых возбуждается дело об административном правонарушении, протокол об административном правонарушении составляется в течение двух суток с момента выявления административного правонарушения. 3. В случае проведения административного расследования протокол об административном правонарушении составляется по окончании расследования в сроки, предусмотренные статьей 28.7 настоящего Кодекса. Статья 12.10. Нарушение правил движения через железнодорожные пути 1. Пересечение железнодорожного пути вне железнодорожного переезда, выезд на железнодорожный переезд при закрытом или закрывающемся шлагбауме либо при запрещающем сигнале светофора или дежурного по переезду, а равно остановка или стоянка на железнодорожном переезде - влечет наложение административного штрафа на водителя в размере пяти минимальных размеров оплаты труда или лишение права управления транспортными средствами на срок от трех до шести месяцев. 2. Нарушение правил проезда через железнодорожные переезды, за исключением случаев, предусмотренных частью 1 настоящей статьи, - влечет наложение административного штрафа на водителя в размере одного минимального размера оплаты труда.