Здравствуйте, Dir!
Если штатный заместитель будет исполнять кроме обязанностей, оговорённых трудовым договором, ещё и обязанности отсутствующего руководителя структурного подразделения, то доплату за совмещение устанавливать обязательно.

Приложение:
Статья 285. Оплата труда лиц, работающих по совместительству Оплата труда лиц, работающих по совместительству, производится пропорционально отработанному времени, в зависимости от выработки либо на других условиях, определенных трудовым договором. При установлении лицам, работающим по совместительству с повременной оплатой труда, нормированных заданий оплата труда производится по конечным результатам за фактически выполненный объем работ. Лицам, работающим по совместительству в районах, где установлены районные коэффициенты и надбавки к заработной плате, оплата труда производится с учетом этих коэффициентов и надбавок.

Здравствуйте, Dir!
К сожалению, не понятно, что Вы имели в виду под "оговорено его должностной инструкцией".
Если речь идет о том, что работник во время отсутствия руководителя организации исполняет его обязанности, то это одно, а если имеется в виду то, что работнику устанавливается доплата за время исполнения обязанностей руководителя - это совсем другое.
В первом случае никакой доплаты не устанавливается, так как такая трудовая функция возложена на работника, о чем свидетельствует, трудовой договор (не всегда), трудовая инструкция и (скорее всего) Устав организации.Т.е. работодатель не требует от работника выполнения работы, не предусмотренных его трудовой функцией.
Во втором случае, ситуация полностью противоположная.

Успехов!!!

Здравствуйте, Dir!

До марта 2003 года эта ситуация рассматривалась следующим образом: Заместитель руководителя структурного подразделения выполняет обязанности отсутствующего руководителя подразделени без дополнительной оплаты, поскольку это входит в перечень его должностных обязанностей по самому статусу его должности "заместитель", а также, как правило, оговорено трудовым договором и должностной инструкцией заместителя. Налоговые органы придерживались такой позиции, согласно которой предприятие, конечно, могло установить доплату, но в этом случае не имело права относить эти затраты на себестоимость. Если же обязанности руководителя временно выполняет другой работник, не являющийся штатным заместителем отсутствующего руководителя, то тогда выплачивается разница между его должностным окладом и должностным окладом замещаемого руководителя на основании приказа руководителя предприятия о временном заместительстве. Основанием для такой позиции служил п.1 разъяснения Госкомтруда СССР и секретариата ВЦСПС N 30/39 от 29.12.1965 "О порядке оплаты временного заместительства", которое было подтверждено, в частности, и решениями судебных органов, включая Верховный суд. Аналогичной позиции придерживался и Минтруда РФ.

Однако, сейчас ситуация несколько изменилась. Определение Кассационной коллегии Верховного суда РФ N КАС 03-25 от 11.03.2003 признало указанное выше Разъяснение недействующим в части, запрещающей выплату разницы между должностными окладами штатного заместителя (или помощника) руководителя и должностным окладом отсутствующего руководителя. Основанием для этого решения послужило то, что запрещение доплаты противоречит Трудовому кодексу, который гарантирует работнику оплату труда в соответствии с объемом работы, а при отсутствии руководителя объем работы заместителя возрастает.

Тем не менее, отмена разъяснения, на мой взгляд, не обязывает предприятие проводить доплату, а лишь разрешает ему это делать.

К сожалению, в настоящее время мне неизвестна позиция налоговых органов по вопросу правомерности отнесения этих доплат на себестоимость.

Удачи Вам!