Здравствуйте, Ирина!
Вы безусловно правы, руководитель не имеет право устанавливать подобные штрафы, перечень возможных дисциплинарных взысканий и случаи мат. ответственности работников в полной мере определены ТК РФ.
Если Вы юрисконсульт данного предприятия, то поручение начальства можно исполнить следующим образом.
Внесите соответствующие изменения в положение о премировании работников организации, т.е., необходимо установить дополнительные случаи уменьшения размера ежемесячной премии, определив при этом случаи такого уменьшения и размер (это касается опозданий).
Что касается оргтехники, то с таким приколом я еще не сталкивался, видно ну очень крутая оргтехника, но выйти из положения все же можно, утвердив положение (инструкцию) о порядке использования оргтехники работниками организации, где установить мат. ответственность работников в случае поломки техники по их вине (данное условие, естественно, должно быть прописано и в ТД работников общей фразой), при этом размеры сумм определяются в соответствии с нормами ТК РФ (т.е. возмещению подлежит реальный ущерб).
Что касается приказов, то их должно быть два:
1. О внесении изменений в положение о премировании.
2. Об утверждении положения (инструкции) о порядке использования оргтехники работниками организации.

P.S. Не забудьте ознакомить с документами всех работников под роспись с соблюдением установленных сроков!

Успехов!!!