Здравствуйте, Kortik72!

Во-первых, в БИОСе есть такие параметры, как First boot device (первое загрузочное устройство), Secondary boot device (второе) и так далее (от трёх до четырёх в разных версиях БИОС, иногда называется Boot device priority - порядок опроса устройств для загрузки операционной системы). При этом диск С для БИОСа(!!!!именно для БИОС!!!) - это Primary Master, диск D - Primary Slave, диск E - Secondary Master и так далее.
На загрузочном диске (физическом) должен быть раздел, помеченный активным, иначе зарузка с него производиться не будет.

Вполне вероятно, что ДО переустановки у Вас был диск, подключённый на Primary-IDE канал (мастером или слейвом), не имеющий активных разделов, а на Secondary-канале был подключен диск с установленным Windows. Таким образом, БОИСовский загрузчик, не найдя загрузочного раздела на первом диске, начинал опрос второго диска и передавал управление ему, и в системе он определялся как диск C.

Во время установки установщик начал опрашивать физические диски именно так, как они подключены, и Вы, задав установку на диск С, произвели следующие изменения:

1. На диске, подключенный первым по параметрам BIOS была создана Главная Загрузочная Запись (один из разделов диска стал с пометкой "активен" - т.е. "загрузочный")
2. Со второго физического диска с активного раздела был скопирован файл BOOT.INI
3. Этот файл был дополнен таким образом, что теперь у Вас имеется на выбор 2 операционных системы для загрузки - новая "переустановленная" (а на самом деле установленная с нуля"), и вторая - та, которую Вы и хотели переустановить.

Во-вторых, назначение букв дискам в системе Windows семейства NT происходит несколько по-другому, нежели в Win-9x. Т.е. NT-подобным системам абсолютно по барабану, на какой IDE-канал и Master`ом или Slave`ом Вы подключите диск - назначив букву разделам один раз, система будет придерживаться именно этой нумерации - имя диска от переключения по каналам НЕ ИЗМЕНИТСЯ!

В то время как Win-9x (да и DOS) назначают буквы дискам следующим образом:
С - Основной раздел диска на канале Primary Master
D - Основной раздел диска на канале Primary Slave
E - Основной раздел диска на канале Secondary Master
F - Основной раздел диска на канале Secondary Slave

G - Первый логический диск на канале Primary Master
H - Второй логический диск на канале Primary Master
I - Третий логический диск на канале Primary Master
J - ... и так далее если есть....

K - Первый логический диск на канале Primary Slave
L - Второй логический диск на канале Primary Slave
... ну, и так далее.
В третьих, для того, чтобы не путаться в ситуациях, подобных Вашей, рекомендуется ВСЕГДА подключать физический диск с операционной системой на канал Primary Master.
Теперь о том, как избавиться от вариантов выбора систем:
"Мой компьютер" пр. кнопкой мыши - "Свойства" - "Дополнительно" - "Загрузка и восстановление" - можете снять галку "Отображать список операционных систем", а затем почитать ответы на вопросы, связанные с редактированием BOOT.INI (на главной странице портала кнопка "Поиск", ключевое слово "boot.ini" - узнаете ещё много интересного - самая лучшая ссылка, надеюсь...)

... Ух, аж пальцы вспотели....