Здравствуйте, Maxim70!
Да, действительно, действующее законодательство предусматривает оплату больничного листа только по одному основному месту работы (по тому месту, которое вписано в больничный лист)
Из текста Вашего вопроса не понятно("работаю по двум трудовым"), имеется ли у Вас основная работа и работа по совместительству(т.е. работа по двум трудовым договорам), или Вы как-то умудрились заиметь две трудовые книжки и на каждой из работ устроиться как по основному месту работы.
Если это второй вариант, что ж... Законодатель не предусматривает ведение двух трудовых книжек. Вы сами себе создали проблему. Хотя не все так страшно при условии, что каждый из Ваших работодателей производит необходимые отчисления в ФСС. На практике работодатель по основному месту работы делал ксерокопию больничного листа, заверял эту копию и это был документ, подтверждающий уважительность причины невыхода Вас на работу по совместительству.
Если же это первый вариант, то в этом случае могу Вас обрадовать. 20 декабря 2006 года ГосДума РФ в третьем чтении приняла законопроект № 335245-4 и направила его в Совет Федерации "Об обеспечении пособиями по временной нетрудоспособности, по беременности и родам граждан, подлежащих обязательному социальному страхованию". Согласно текста этого законопроекта, ст.13 : "1. Назначение и выплата пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам осуществляются работодателем по месту работы застрахованного лица (за исключением случаев, указанных в частях 2 и 3 настоящей статьи). В случае, если застрахованное лицо работает у нескольких работодателей, пособия назначаются и выплачиваются ему каждым работодателем."
Законопроект достаточно большой, поэтому я не добралась до механизма такой оплаты. Если желаете самостоятельно его почитать, то законопроект есть на сайте http://asozd.duma.gov.ru
Данный законопроект должен был вступить в силу с 01.01.2007. Ждем-с...

С уважением, Eviran.