Здравствуйте, Оськин Дмитрий Владимирович!
Мой опыт в этом вопросе - я написал скрипт, который запускается из Cron. Код в приложении.
Сначала удаляю старые файлы (после небольшой модификации rm можно оставлять нужное кол-во копий, например за 3 дня).

Потом делаю бекап всех баз и бэкап всех сайтов. Имя файлов начинается с даты бекапа.

Кстати, у большинства хостеров процедура бэкапа включена по умолчанию.


Приложение:
#!/bin/sh rm /pub/home/site/backup/* # удаляю старые файлы/usr/local/bin/mysqldump --add_drop -uhuser1 -P3306 -hlocalhost -ppass1 base1 | gzip -c > /pub/home/site/backup/`date "+%Y-%m-%d"`-base1.gz # бэкап первой базы/usr/local/bin/mysqldump --add_drop -uuser2 -P3306 -hlocalhost -ppass2 base2 | gzip -c > /pub/home/site/backup/`date "+%Y-%m-%d"`-base2.gz # бэкап второй базы/usr/local/bin/mysqldump --add_drop -uuser3 -P3306 -hlocalhost -ppass3 base3 | gzip -c > /pub/home/site/backup/`date "+%Y-%m-%d"`-base3.gz # бэкап третьей базыtar -czf /pub/home/site/backup/`date "+%Y-%m-%d"`-site1.tgz /pub/home/site/site1/* # бэкап первого сайта tar -czf /pub/home/site/backup/`date "+%Y-%m-%d"`-site2.tgz /pub/home/site/site2/* # бэкап второго сайтаtar -czf /pub/home/site/backup/`date "+%Y-%m-%d"`-site3.tgz /pub/home/site/site3/* # бэкап третьего сайта