Здравствуйте, SPugin!
Согласно ст. 34 Семейного Кодекса РФ построенный в браке дом является общей собственностью супругов. Независимо от того, на кого были документы на строительство. Так что бывший муж в корне неправ. При разводе Ваша сестра получит как минимум половину дома или эквивалент её (этой половины) стоимости.
Если можно подтвердить документально вклад Вашего отца в строительство дома и он заявит в суде, что дарил эти средства дочери, то дело можно повернуть немного по-другому. Согласно ст. 36 СК РФ средства, подаренные дочери, являются её личной собственностью. И при разделе дома нужно требовать сначала выделить долю дочери, т. к. в строительство она вложила средства, подаренные отцом. А затем оставшуюся часть имущества (дома) разделить пополам между супругами.
Так что супруг явно погорячился! Попробуйте донести до него это и уладить дело мирным путём. Иначе с учётом судебных издержек он может вообще лишиться дома.
В суд нужно подать заявление о расторжении брака и разделе имущества. Если есть документы, подтверждающие расходы, их нужно приложить. Приложите свидетельство о заключении брака. Заявите в суде ходатайство об оценке незарегистрированного дома. Помните, что суд будет руководствоваться не только документами, но и показаниями свидетелей и будет оценивать все доказательства в их совокупности.

Приложение:
Статья 34. Совместная собственность супругов 1. Имущество, нажитое супругами во время брака, является их совместной собственностью. 2. К имуществу, нажитому супругами во время брака (общему имуществу супругов), относятся доходы каждого из супругов от трудовой деятельности, предпринимательской деятельности и результатов интеллектуальной деятельности, полученные ими пенсии, пособия, а также иные денежные выплаты, не имеющие специального целевого назначения (суммы материальной помощи, суммы, выплаченные в возмещение ущерба в связи с утратой трудоспособности вследствие увечья либо иного повреждения здоровья и другие). Общим имуществом супругов являются также приобретенные за счет общих доходов супругов движимые и недвижимые вещи, ценные бумаги, паи, вклады, доли в капитале, внесенные в кредитные учреждения или в иные коммерческие организации, и любое другое нажитое супругами в период брака имущество независимо от того, на имя кого из супругов оно приобретено либо на имя кого или кем из супругов внесены денежные средства. 3. Право на общее имущество супругов принадлежит также супругу, который в период брака осуществлял ведение домашнего хозяйства, уход за детьми или по другим уважительным причинам не имел самостоятельного дохода. Статья 36. Собственность каждого из супругов 1. Имущество, принадлежавшее каждому из супругов до вступления в брак, а также имущество, полученное одним из супругов во время брака в дар, в порядке наследования или по иным безвозмездным сделкам (имущество каждого из супругов), является его собственностью. 2. Вещи индивидуального пользования (одежда, обувь и другие), за исключением драгоценностей и других предметов роскоши, хотя и приобретенные в период брака за счет общих средств супругов, признаются собственностью того супруга, который ими пользовался.