Здравствуйте, Arthur!

Предположим, что Вы хотите создать приложение, написанное на компилируемом языке (например, C++), и включающее в себя интерпретатор языка Python (наиболее распространённый вариант). В этом случае рекомендую обратить внимание на фреймворк Qt, включающий в себя набор инструментов и большое число обучающих материалов для написания такого интерпретатора. Qt включён в подавляющее большинство дистрибутивов Linux, так что проблем совместимости быть не должно, особенно если Вы будете распространять приложение не только в виде бинарного пакета, но и в виде исходных текстов.
В случае, если Вы хотите написать приложение, которое могло бы запускаться с графическим интерфейсом в дистрибутивах Linux без графического окружения рабочего стола, то рекомендую обратить внимание на такой фреймворк, как JUCE, который использует низкоуровневые инструменты для рисования окон и контролей (должен быть запущен графический сервер). В этом случае интерпретатор может быть написан с использованием средств Boost.Python: https://www.boost.org/doc/libs/1_57_0/libs/python/doc/.