Не влияет.
Чуть-чуть влияет процесс декодирования mp3. Сам алгоритм однозначный, но он использует плавающую арифметику, с которой у компьютеров не всё гладко. Но вы этого не заметите.
И вообще по сравнению с влиянием акустической части: динамиков и акустики помещения - всем остальным можно смело пренебречь.