Здравствуйте, Mark!
По моему мнению существует два варианта решения Вашей проблемы.
1. Радикальный. Скопировать (переместить) данные с диска D видимые Вами 250 мб во временно созданную папку на диск C. Отформатировать диск D. Вернуть данные обратно на диск D.
2. На выбор. Проверить в свойствах диска D вкладка Общие, кнопка очистка диска, занятое место под временные файлы и др. Выставляем нужные флажки.
Там же на вкладке Дополнительно - Восстановление системы и теневое копирование - очистить. Выполняем очистку, наслаждаемся.

Подробнее об очистке дисков http://www.oszone.net/13312/cleanmgr#500

Здравствуйте, Mark!
От файловых ошибок на жёстком диске никто не застрахован. Они случаются, например, при внезапном отключении эл-энергии или некорректном выходе из Windows. Как восстановить полноценный объём хранилища?
Вам уже посоветовали, как освободить неизвестно-чем занятое пространство раздела (то есть просто удалить объекты, которые якобы имеются, но не отображаются). Но если у Вас есть время и желание узнать, что скрыто на неотображаемом пространстве, то будет полезной доп-диагностика (дабы узнать причину и упредить рецидивы таких недоразумений).

Для начала просканируйте весь раздел на наличие вирусов (штатным АнтиВирусом или утилитой DrWeb Cureit.exe (160МБайт). Антивирус "видит" много больше, чем пользователь, и желательно убедиться в безопасности объектов, которые Вы хотите увидеть.

Вы уже включили "Показывать скрытые файлы и папки". Сделайте больше: Из ПанельУправления \ ПараметрыПапок \ Вкладка Вид сбросьте флажок "Скрывать защищённые системные файлы".

Возможно, в скрытой области действительно нет никаких файлов, а в результате какой-то ошибки область помечена как занятая. Для не опытных пользователей в свойствах диска есть команда ПроверкаДиска. Перед проверкой в Вашем случае надо взвести флажки "Атоматически исправлять системные ошибки" и "Проверять и восстанавливать повреждённые сектора". К сожалению результат этой долгой проверки мелькает на экране всего доли секунды.

Чтобы зафиксировать результат, лучше запускать проверку в окне КоманднаяСтрока, загруженного от имени Администратора. Правой кнопкой мыши кликните по заголовку окна КомСтроки, выберите команду Свойства. В окне свойств включите Выделение мышью, Быстрая вставка, шрифт измените на LucidaConsole, жирный, 14. Расположение - на 80…90% экрана. Убедитесь, что Вы умеете выделять текст в окне ком-строки мазком лев-кнопы мыши и копировать выделенное в буфер обмена нажатием клавиши Enter . Если Вам удалось вставить скопированное в текстовый файл, то Вы готовы запустить удобнейшую команду проверки диска.

В позицию мигающего дефис-курсора (называется "Приглашение") введите команду
ChkDsk /?
Windows возвратит Вам справку по команде ChkDsk . Затем введите команду
ChkDsk D:
После каждой команды жмите клавишу Enter . Это - лёгкая, быстрая проверка в режиме ТолькоЧтение, без исправления ошибок. Если будут обнаружены ошибки, запустите
ChkDsk D: /F /R /X
ChkDsk попытается заблокировать раздел D: для монопольной обработки. Если другие приложения не возражают отдать раздел D: , то Windows сразу начнёт проверку. Иначе Вам будет предложен отложенный запуск после следующей перезагрузки. Согласитесь, перезагрузитесь. В конце перезагрузки Вы увидите предложение нажать любую клавишу, чтоб отменить ранее-назначенную проверку. Не вмешивайтесь. Ч-з 5 секунд начнётся проверка. Но её результат тоже мелькает на экране пол-секунды. Поэтому, предпочтительней всё-таки отключить тяжёлые программы (Антивирус, закачку на раздел D: …) чтобы ChkDsk получила раздел D: монопольно и отработала в ком-строке без скрытия результата. Прерывать проверку с ключём /F нельзя!

Если Ваша текущая ОперСистема тоже расположена на D: , то заблокировать этот раздел в пользу ChkDsk никак не удастся, кроме отложенной проверки до перезагрузки. К счастью для Вас Ваша Windows7 (в отличие от WinXP) дублирует отчёт в ChkDsk-файл, который спрятан в скрытую папку \System Volume Information\ проверенного раздела. Получить доступ к просмотру папки можно из её свойств на вкладке Безопасность.

Главная строка в отчёте: "0 КБ в поврежденных секторах". Если вместо 0 будет другое число, надо попытаться избавиться от программных ошибок ПОЛНЫМ форматированием раздела (ценные файлы перед форматированием надо скопировать на другой раздел). А изредка проблемы свободного места мне приходилось лечить пере-разбивкой диска на разделы. Тут уж приходилось копировать файлы на другой носитель.
Если добиться "0 КБ в поврежденных секторах" не удалось, значит диск НЕ пригоден более для надёжного хранения ценных файлов ("сыпется"). И его пора заменить. =Удачи!