Если выделить отдельный компьютер под сервер не представляется возможным, остается вариант с виртуальной машиной. Установите Virtualbox, создайте виртуальную машину, сделайте виртуальный диск побольше (6 Гб минимум, лучше 30-40, еще лучше выделить отдельный раздел), в нее какой-нибудь дистрибутив Linux /FreeBSD (или Server 2008, если есть много памяти и лишние деньги), сетевую карту настройте мостом. Будет работать не намного медленнее, чем на реальном компьютере. Дополнительно получите удобное резервное копирование и восстановление (копировать полностью виртуальную машину) и легкий перенос на другой компьютер (просто перенести виртуальную машину, ничего настраивать не потребуется). Если в будущем решите приобрести/арендовать сервер, можно будет легко (если не server 2008) перенести систему из виртуальной машины на реальное железо.

Для работы VirtualBox в фоновом режиме:

$ VBoxHeadless --help
Sun VirtualBox Headless Interface 3.1.8
(C) 2008-2010 Sun Microsystems, Inc.
All rights reserved.

Unknown option: --help

Usage:
-s, -startvm, --startvm <name|uuid> Start given VM (required argument)
-v, -vrdp, --vrdp on|off|config Enable (default) or disable the VRDP
server or don't change the setting
-p, -vrdpport, --vrdpport <ports> Comma-separated list of ports the VRDP
server can bind to. Use a dash between
two port numbers to specify a range
-a, -vrdpaddress, --vrdpaddress <ip> Interface IP the VRDP will bind to
-c, -capture, --capture Record the VM screen output to a file
-w, --width Frame width when recording
-h, --height Frame height when recording
-r, --bitrate Recording bit rate when recording
-f, --filename File name when recording. The codec
used will be chosen based on the
file extension

Если у Вас остается проблема, как спрятать запущенную виртуальную машину от пользователя, то есть несколько способов:
1) Я не знаю имя Вашего процесса, поэтому покажу, как скрыть популярный Winamp пуском его из JS-скрипта. Создаём текстовый файл с произвольным именем, (например, HidWinamp.js =скрытый Winamp). Для редактирования из его контекста задаём команду Изменить. Вставляем в него 2 строки
var WshShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell");
WshShell.Run("Winamp",0);
Второй параметр 0 во второй строке указывает, что надо запускать Winamp в скрытом режиме. Запустите HidWinamp.js . В открывшееся под-окно PlayList втащите группу .mp3-файлов (или их папку), запустите любой из них двойным кликом в PlayList-окне и закройте PlayList. Теперь программа работает (музыка играет), а Окно невидимо, иконки на Панели задач нет, в Диспетчере задач "Приложения" она тоже не отображается. Только в списке Процессов можно найти Winamp и удалить его. Можно назвать запускаемый файл похитрее (nvidia32.exe), и мало кто найдет эту подделку.

2)Откройте какой-нибудь подопытный файл (179223.txt), окно которого будем скрывать/отображать. Запустите Программы \ Стандартные \ КоманднаяСтрока. Наберите команду :
Cmdow /t
для показа м части всех процессов, отображаемых в Панели задач. В верхней строке увидим заголовки таблицы:
Handle Lev Pid -Window status- Image Caption
в нижних строках - значения. Находим нужную строку:
0x1200D0 1 3380 Res Ina Ena Vis notepad 179223.txt - +ыюъэюЄ
Догадываемся, что последние символы - это некорректно-кодированные буквы кириллицы слова Блокнот.
Выбираем из неё управляющий Handle-код (он меняется после перезапуска процесса!).
Скрываем окно командой
Cmdow 0x1200D0 /hid
либо
Cmdow "179223.txt - Блокнот" /hid
Отобразим его вновь командой
Cmdow 0x1200D0 /vis
либо
Cmdow "179223.txt - Блокнот" /vis
Получилось? Если понравилось, можно автоматизировать скрытие/отображение. Справка: чтобы в окне Командной строки скопировать текст, надо в его свойствах \ Общие включить ВыделениеМышью и БыстраяВставка. Левой кнопкой мыши выделить фрагмент, он побелеет. Нажатием Enter побелевший фрагмент копируется в буфер. Вставка делается правым кликом, когда курсор мыши в поле окна. Команда Cmdow /? возвращает описание возможностей команды Cmdow.