Рыленков Геннадий Петрович:
Даже во встроенной справке достаточно нормально описано, а, именно:
"/f
Задает исправление ошибок на диске. Диск должен быть заблокирован. Если диск не заблокирован командой chkdsk, отображается запрос на проверку диска при следующей перезагрузке компьютера.
....
Отчет об ошибках
Команда chkdsk выполняет проверку дискового пространства и его использования для файловых систем таблица размещения файлов (FAT) и NTFS. Команда Chkdsk позволяет получить отчет о состоянии со сведениями по каждой файловой системе. Отчет о состоянии диска включает перечень найденных ошибок. Если команда chkdsk запущена без параметра /f в активном разделе, может быть получено сообщение о наличии серьезных ошибок, так как диск нельзя заблокировать. Для поиска ошибок команду chkdsk нужно запускать время от времени на каждом диске.
Исправление ошибок
Если указан параметр командной строки /f, программа chkdsk исправляет ошибки на диске. При работе chkdsk должна обеспечиваться возможность блокирования диска для исправления ошибок. Поскольку при исправлении ошибок обычно изменяется таблица размещения файлов и иногда происходит потеря данных, программа chkdsk запрашивает подтверждение в следующем виде:
....
Если параметр командной строки /f не используется, программа chkdsk только выдает сообщение о наличие ошибок в файле, но не исправляет их.
Если команда chkdsk /f запущена на диске большого объема (например 70 Гб) или диск содержит большое количество файлов (например несколько миллионов), для завершения работы программы chkdsk может потребоваться очень много времени (возможно несколько дней). В течение всего этого времени компьютер будет недоступен для пользователей, так как chkdsk не возвращает управления до завершения работы.
...
Использование chkdsk с открытыми файлами
Если указан параметр /f, команда chkdsk выводит сообщение об ошибке, если на диске найдены открытые файлы. Если же параметр /f не указан и на диске найдены открытые файлы, chkdsk может выводить сообщения о потерянных блоках на диске. Это произойдет в случае, когда открытые файлы еще не записаны в таблице размещения файлов. Если программа chkdsk сообщает о большом количестве потерянных блоков дискового пространства, должна быть рассмотрена возможность ремонта диска.
"
Если вы запускаете не из командной строки, то просто поставьте обе галочки проверки