Здравствуйте, Смирнов Андрей Сергеевич.
В соответствии с ч.3 ст.381 ГПК председатель Верховного Суда Российской Федерации, его заместитель вправе не согласиться с определением судьи Верховного Суда Российской Федерации об отказе в передаче надзорной жалобы или представления прокурора для рассмотрения в судебном заседании суда надзорной инстанции и вынести определение о его отмене и передаче надзорной жалобы или представления прокурора с делом для рассмотрения в судебном заседании суда надзорной инстанции.
Вы вправе обратиться к Председателю ВС и изложить своё не согласие с отказом (там же и укажите на противоречия). Форма здесь не важна. Это может быть и жалоба и заявление. Ничего прикладывать при этом не нужно.

Здравствуйте, Смирнов Андрей Сергеевич.
Только что ответил на похожий вопрос. Но т.к. время не ждет, то кое-что повторяю.
Насчет Председателя ВС РФ не скажу, т.к. нет опыта. Остался еще Президиум ВС РФ.
Пленум Верховного суда РФ своим Постановлением от 12 февраля 2008 г. N 2 «О применении норм гражданского процессуального законодательства в суде надзорной инстанции в связи с принятием и введением в действие ФЗ от 4 декабря 2007 Г. N 330-ФЗ "О внесении изменений в ГПК РФ"» разъяснил судам, что «Время рассмотрения надзорной жалобы… в суде надзорной инстанции при исчислении названного срока учитываться не должно, так как оно не зависит от лица, подавшего надзорную жалобу». Не зависит от лица, подавшего жалобу, также время доставки корреспонденции почтой.
Т.е., если срок прошел, то в суд первой инстанции пишется заявление о восстановлении срока для подачи надзорной жалобы в соответствии с п. 4 ст. 112 ГПК РФ. И занимаетесь арифметикой: указываете, когда истек срок и периоды от подачи заявления до получения по почте (нужны копии конвертов или справки с почты). К заявлению надо приложить саму жалобу. Пока телега будет катиться, можно отредактировать саму жалобу и собрать удостоверенные судами копии решений.
Мосгорсуд, например, по заявлению возвращает заверенные копии решений. Копию своего определения выдает на 6-й день (пошлина - 20 руб. до 10 страниц).
Можно при безысходности попытаться запустить "дурочку" (по Аркадию Райкину). Подать заявление, которое вернется без рассмотрения из-за формальных недостатков (например, из-за не заверенных копий). За это время собрать нужные бумаги и после возврата заявления подать заявление о восстановлении срока.

Здравствуйте, Смирнов Андрей Сергеевич!
Вам нужно написать НАДЗОРНУЮ ЖАЛОБУ в Президиум Верховного суда РФ. В жалобе подробно расписать все нарушения и ошибки (сделайте яркий акцент, можно выделить жирным шрифтом или заглавными буквами, на то, что судья верховного суда подтвердил правильность решения первой инстанции, а также ошибся в толковании смысла кассационного определения). Все предыдущие аргументы, приводимые Вами в кассационной и надзорных жалобах, тоже нужно привести. Будет лучше, если Вы все распишите подробно, а не ограничитесь переписыванием последней недзорной жалобы. Все документы (заверенные судами копии судебных постановлений) прикладывать ОБЯЗАТЕЛЬНО и делать все копии по числу лиц, участвующих в деле, иначе Вам просто вернут жалобу. Никаких ссылок на то, что в ВС уже есть Ваши документы быть не может, т.к. к ним стекаются жалобы со всей России, и разбираться, где Ваши документы, естественно, никто не будет: делопроизводство поставлено так, что приложения к жалобе неотделимы от нее, и после ее рассмотрения она отправляется в архив, а все остальные копии вместе с Определением направляются заявителю. Так что постарайтесь написать как можно грамотнее и подробнее и обязательно строго соблюдите все формальности в части приложений к жалобе. Если потребуется помощь в составлении - напишите мне.