Здравствуйте, andrey!
1. из unix-like я бы советовал Линукс, для первого знакомства он намного более дружелюбен чем все остальные бесплатно доступные. Из Линуксов, любой, главное не то какой, а то насколько ты будешь хотеть с ним подружиться
Ну естественно если есть знакомый чел который в Линуксе шарит - то лучше ставить тот который стоит у него, ему будет проще тебе ответить. Мои субъективные предпочтения Slackware, Gentoo - но это субъективно, они посложнее ставятся чем Мандрейк, Федора, или РэдХэт, зато если поставишь и начнешь копаться то по первой будет проще. А потом все-равно.
2. Мне для Линукса хватает двух Гб, потому что больше нету. Если есть 120, то я бы по десятке отвел для Хр и Линукса (не забудь что у Линукса есть еще и своп, которому тоже свой раздел надо. А остальные - разделил равномерно между раздеом для фильмов, музыки, документации и инсталях. Если не жалко место то можешь поставить пару Линуксов сразу, и ФриБСД в придачу
Дополнительные разделы для каждого подкаталога Линукса тебе заводить не стоит.
3. Сначала ставится Хр, потом ФриБСД, потом Линукс. Так удобней просто организовать загрузку всег трех (или двух).
4. Для Виндовса вот тебе нтфс посоветовали, по мне так и ФАТ-32 неплохо - летят они обое хорошо. В Линуксе стандартная ext2, есть журналируемый ее вариант ext3, опять же мои субъективные предпочтения - ReiserFS.